Роль колоний в португальской истории была еще более существенной, чем в испанской. Португальская морская экспансия опережала испанскую: в начале XVI в. страна обладала уже обширными владениями в Бразилии, в Юго-Восточной Азии и по африканскому побережью. Первая половина XVI в. была золотым веком португальской колониальной империи. Наибольшие доходы приносили золото, работорговля и в особенности азиатские пряности. В это время страна ежегодно ввозила из колоний примерно 40–50 тыс. кинталов (2–2,5 тыс. т) пряностей. Цены на перец, и прежде очень высокие, в 1504–1560 гг. удвоились. Однако с середины XVI в. оживляется левантийская торговля, и уже в 60-х годах примерно половина пряностей поступает в Европу этими путями, а ввоз их в Португалию сокращается.
Уже в XVI в. усилия Португалии в Азии состояли не столько в новых завоеваниях, сколько в сохранении ранее приобретенного. С конца века колониальная империя переживает существенные изменения и постепенно приходит в упадок. В XVII в. позиции Португалии в бассейне Индийского океана были сильно поколеблены голландцами. К этому времени, однако, уже наметился экономический подъем Бразилии, к которой переходит роль ведущей португальской колонии. Отсюда в метрополию вывозились сахар, табак, ценные породы леса. Расцвет бразильских сахарных плантаций был непосредственно связан с ввозом рабов из Африки: во второй половине XVI в. их привозили по нескольку тысяч в год.
Королевская власть сразу же установила жесткий контроль над поступлениями из колоний. В 1501 г. в Лиссабоне была создана Палата по делам Индий, где все колониальные товары регистрировались и облагались пошлинами. Корона обладала монополией на торговлю пряностями и правом на 30-процентный сбор с остальных колониальных товаров, что приносило ей баснословные доходы, достигавшие порой 700—1000 % от вложенного капитала. Но эти доходы попадали главным образом в руки короля и аристократии и тратились на непроизводительные нужды.
Содержание громадной империи в условиях все возраставшей конкуренции требовало от бедной людьми и ресурсами Португалии предельного напряжения всех сил. В XVI в. в колонии ежегодно уезжало около 2400 португальцев, в то время как из Кастилии, где население было в пять раз больше, — около 1500 человек. Учитывая высокую смертность в условиях тропического климата и предельную растянутость коммуникаций, для серьезной колонизации этих сил не хватало. Поэтому владычество Португалии основывалось на военно-морском господстве лишь над важнейшими пунктами и торговыми путями и на максимальном использовании местных противоречий. Португальские владения в это время расположены на побережье. Административный контроль над колониями был относительно слабым, что открывало широкие возможности для коррупции.
Воздействие колониальной экспансии и торговли на социально-экономическое развитие Португалии было весьма сильным. В связи с увеличением потребностей городов и ввозом золота из колоний быстро росли цены. Нужды колоний стимулировали рост производства и торговли в метрополии. В конце XV — первой половине XVI в. переживало подъем земледелие. Получили распространение новые культуры, особенно маис, возросло производство вина и оливкового масла. Производство пшеницы оставалось на том же уровне или даже немного сокращалось, хотя спрос на нее все увеличивался, а соответственно возрастал и импорт.
В португальской экономике этого времени огромную роль играла торговля, особенно внешняя. Португалия стала одним из главных посредников в торговых связях Европы с Азией, Африкой и Америкой. В европейские страны Португалия экспортировала, помимо колониальных товаров, вино, оливковое масло, фрукты и соль. Основу импорта составили пшеница, ткани, металлы, изделия ремесла. Лиссабон — важнейший центр внутренней и средоточие всей колониальной торговли — быстро рос и стал к XVII в. одним из крупнейших городов Европы. Однако на фоне расцвета Лиссабона развитие других городов выглядело достаточно скромно. В первой половине XVI в., когда население Лиссабона достигло 65 тыс. жителей, следующий за ним Порту при всем его значении как экономического центра севера страны насчитывал лишь 15 тыс. С десяток городов имели население от 6 до 14 тыс. человек, остальные были еще меньше.
Ведущая роль королевской власти и дворянства в колониальной экспансии, активное участие в ней иностранцев и части чиновничества предопределили сравнительно скромную, хотя и более значительную, чем в Испании, роль португальского купечества. Не выдерживая конкуренции в заморской торговле, купечество все более вкладывает средства в земельную собственность; не имея доступа к высшим уровням власти, укрепляет свое влияние на локальном уровне.