Кризисные явления не были всеобъемлющими: не упал спрос на продукцию железоделательных заводов Австрии, по-старому оставалось в цене чешское полотно. Расцвет серебряных копей Центральной Америки, в целом имевший печальные последствия для центральноевропейского горного дела, в то же время стимулировал добычу ртути, столь необходимой для амальгамирования серебра. Если для Яхимова во второй половине XVI в. наступил закат его недолгой славы, то рудники Кутной Горы, напротив, пережили вторую молодость в 50-х годах, когда выплавка серебра в сравнении с предшествующим десятилетием выросла вчетверо и систематически продолжала расти до 1610 г., затем резко снизилась. В Австрии и Чехии не был прерван процесс урбанизации: Прага при Рудольфе II, который в 1583 г. перенес туда свою столицу из Вены, насчитывала уже около 60 тыс. жителей, будучи крупнейшим городом в регионе.
Промышленность и торговля, однако, несмотря на достигнутые успехи, переживают замедление темпов роста, в ряде случаев — застой и даже регресс. Перемены к худшему затронули и деревню, где помещики настойчивей, чем прежде, внедряли отработочную ренту, находя поддержку у центральных властей. При Максимилиане II крестьянским детям было предписано нести барщину. Рудольф II в 1581 г. обложил дополнительной податью хозяйства, свободные от отработок.
В экономике накапливались симптомы хозяйственного торможения и спада, признаки ослабления раннебуржуазных элементов. Со всей силой негативные явления обнаруживают себя в годы Тридцатилетней войны. Поставки для армии обогатили не одного предпринимателя, иногда выгоду из военной обстановки извлекали для себя целые округа. Создав свое состояние за счет конфискованных Габсбургами земель, Валленштейн заботился о том, чтобы война не опустошала его владений. Но общий баланс для народов Центральной Европы был трагичным. За годы Тридцатилетней войны разорение не раз прокатилось по австрийским землям. Еще тяжелее пришлось Чехии, чье население убыло по меньшей мере на четверть. Глубокому расстройству торговли и промыслов способствовали также и махинации сановников (в их числе тот же Валленштейн) и финансистов, гревших руки на перечеканке старой монеты и наводнивших денежный рынок обесцененной монетой.
Взяв верх над сословной оппозицией, габсбургский абсолютизм не ограничился репрессиями против мятежников. Недаром битва при Белой горе 8 ноября 1620 г., положившая конец дворянско-бюргерскому, узкосословному по своей социальной базе и по своим целям восстанию, стала общенациональной катастрофой. Победа императорско-католического лагеря обернулась тяжелыми последствиями для разоренного войной хозяйства. Владения Габсбургов лишились многих крестьян, ремесленников, рудокопов, купцов, которые покидали страну, спасаясь от репрессий и принудительного обращения в католическую веру. Сильно были урезаны права городского сословия. В Чехии обновленный земский устав 1627 г. повторил в ужесточенном виде запрет крестьянского перехода, закрепощающие юридические нормы были приведены в действие. Помещики получили возможность, игнорируя записи в старых писцовых книгах (урбариях), требовать с крестьян новые платежи и повинности.
Пока длилась Тридцатилетняя война, феодалы еще соблюдали известную умеренность. В обстановке военных действий им было сложно разыскивать беглых и не хватало сил, чтобы эффективно подавить частые крестьянские движения, среди которых были и такие крупные, как восстание 40-х годов в Верхней Австрии, нашедшее поддержку в южночешских землях. После подписания в 1648 г. Вестфальского мира крепостнические порядки восторжествовали.
Если в Австрии и Чехии так называемое второе издание крепостного права пробивало себе дорогу медленно, то польский вариант барщинно-крепостнического строя, формировавшийся в атмосфере ослабления центральной власти и непомерного роста дворянских привилегий в сочетании с политическим бесправием городского сословия, отличался ранним и интенсивным развитием. С конца XV в. в Польше резко ускорился темп закрепощения деревни. По сеймовой конституции 1496 г. за кметем — полнонадельным крестьянином — еще сохранялась легальная, хотя и весьма ограниченная возможность покинуть помещика: без согласия господина ежегодно из деревни имел право уйти один кметь. Допускался, хотя и с ограничениями, уход крестьянских сыновей. К середине XVI в. все это было запрещено. Подавляющую массу прикрепили к земле.
Вместе с превращением польского феодально-зависимого крестьянства в крепостное происходило расширение отработочной ренты в системе феодальной эксплуатации. Быдгощско-торуньская конституция 1519–1520 гг. предусмотрела минимум отработок: не меньше одного дня в неделю с лапового надела (около 18–22 га). Верхний предел законом не был установлен, к исходу столетия получила распространение 2—3-дневная барщина.