Слабость местной дворянской корпорации и губных старост привела к тому, что в 1666 г. группа белозерских землевладельцев: стольники, стряпчие, московские дворяне, жильцы, дворяне и дети боярские разных городов — подготовили челобитную об отмене у них института губных старост и передаче их полномочий воеводе. Ее составление было вызвано тем, что спустя некоторое время после смерти Ивана Ворыпанова, 20 сентября 1666 г. белозерский воевода И. Ф. Чаплин получил грамоту из Разбойного приказа, которая предписывала выбрать нового губного старосту. Местные светские землевладельцы просили разрешить их от этой обязанности, поскольку «крестьянишка наши люди бедные и губному старосте на Белоозере быть не у чево». Иными словами, челобитчики намекали на то, что они не в состоянии оплачивать деятельность губной избы.
Дальнейшая судьба этой челобитной, сохранившейся ее копии неизвестна. Впрочем, даже если она и поступила в Разбойный приказ, то последний, вероятно, отказал белозерцам, поскольку в том же 1666 г. С. Б. Торжнев был избран новым губным старостой. Он возглавлял местную губу вплоть до 1671 г., когда Разбойный приказ удовлетворил его прошение об отставке по старости и болезни. В дальнейшем губные дела были переданы воеводам и все время оставались в их руках, за исключением нескольких лет в начале 1690-х гг., когда на посту губного старосты находился Ф. А. Моложенинов.
Процессы, подобные тем, что происходили на Белоозере, Ваге, в Устьянских волостях и в Устюге, имели место и в других регионах Московского царства не только в середине, но и во второй половине XVII в.
В 1689/90 г. подьячий Сыскного приказа Афонасий Куковский приехал в Ефремовский уезд с целью выбрать губного старосту. Ефремовцы указали подьячему на Тихона Тимофеевича Бессонова как на достойного кандидата для заведования губным делом, однако вскоре некоторые жители уезда, «норовя воеводам», подали Куковскому сказку, в которой утверждали, что выбрать в губные старосты некого.
Через несколько лет в 1694 г. Бессонов подал заручную челобитную, подписанную 19 ефремовскими помещиками, о том, чтобы назначить его губным старостой. В отличие от претендентов на эту должность в других уездах, Бессонов прежде всего апеллировал не к поддержке его местным населением, а к прошлым военным заслугам, в числе которых участие в семилетней осаде Быхова и обороне Витебска в ходе русско-польской войны 1654–1672 г. Отставленный от службы за раны и дряхлость Бессонов желал стать губным старостой, поскольку служившие с ним братья были устроены к каким-либо приказным/государевым делам, а он ничем пожалован не был.
Челобитная ефремовского помещика сначала поступила в Сыскной приказ, а потом была взнесена к царям Петру и Иоанну Алексеевичам, которые повелели 30 апреля (по другим данным — 22) назначить к губному делу Бессонова.
Появление нового губного старосты в Ефремовском уезде стало источником неурядиц в местном управлении. Воевода и губной староста оспаривали полномочия друг друга: один квалифицировал дела как судные, а другой — как розыскные. Горожане и уездные люди терялись, когда речь шла о том, к какому из судей обратиться. Истцы подавали челобитную в губную избу, а ответчики по этим же делам предъявляли свои претензии в съезжей избе. Еще одна проблема заключалась в том, что Бессонов не имел разрешения или просто не успел обзавестись штатом губной избы. И губной староста, и воевода пользовались одними и теми же караульщиками и приставами, которым приходилось ездить по одним и тем же делам то от воеводы, то от губного старосты.
В последней четверти XVII в. Разбойный приказ, как и раньше, всеми силами старался обеспечить губными старостами подведомственные ему уезды. В 1661/62 г. служивший 16 лет в ливенской губной избе подьячий И. Шебанов был назначен губным старостой Ливенского уезда, из местных подьячих также происходили шуйский губной староста Г. Монатьин (1699 г.), елецкий А. Дегтярев (1689 г.), епифанский Д. Молчанов (1700 г.), калужский Г. Антипин (1672 г.), каширский С. Кунчуров и ряжский Ф. Сидоров (1700 г.). Назначение на столь важную должность подьячих, имевших опыт в ведении губных дел, с одной стороны было удачным решением, а с другой — шло вопреки традиции выбора местным населением, которое едва ли доверяло бюрократам, занявшим по указу из Москвы место, по обычаю отводившееся видным представителям служилого города.