Грозный не стал мешать годуновским планам с замужеством Ирины. Надежд никаких на слабоумного сына не возлагал. Зато все изменилось, когда не стало царевича Ивана. И хоть имел уже Грозный еще одного сына — от Марьи Нагой, хоть и продолжал строить брачные планы с заморскими принцессами, не считаться с Федором было нельзя. И только тогда все поняли, как сумела прибрать мужа к рукам умная и властная Годунова. А Борис, как только стала она вместе с мужем царицей, начал бороться за ее права, за нерушимость ее брака.
А опасности подстерегали новую царицу на каждом шагу. Не могла она доносить ни одного ребенка, хоть беременела постоянно. Значит, вправе были бояре говорить о бесплодии, о необходимости Федору Иоанновичу «поять» другую жену. Борис посылает в Англию посла с тем, чтобы привез от королевы Елизаветы хорошего врача, опытную акушерку. Врача бояре пропускают в Москву, но акушерку задерживают в Вологде, откуда ей через год придется вернуться на родину, так и не увидав царицы.
Заболевает Федор в первый год своего правления, и Борис, не теряя времени, ищет царице жениха среди членов европейских монарших семей: вместе с рукой Ирины царственному претенденту предлагался и русский престол. Федор выздоровеет, дворцовые доброхоты не преминут его известить о задумке шурина и жены, но то ли не поверит им слабый головою царь, то ли сумеют Годуновы оправдаться перед ним, только мир в царской семье останется нерушимым.
Для Годуновых смысл игры очевиден: любой ценой престол должен сохраниться в руках законной, уже взошедшей на престол Ирины. Но зорко следя за бесконечно возникавшими интригами, Борис успевал позаботиться о материальных благах. Многое ему удалось получить еще при Грозном, теперь надо было пополнять благоприобретенное. И почти сразу после прихода к власти Федора он получает среди других вотчин село Козьмодемьянское на берегу речки Химки напротив села Ховрино. В 1585 году в документах появляется запись: «За боярином за конюшим Борисом Федоровичем Годуновым вотчина купли село Кузьмодемьянское, на речке Химке, а в нем церковь Кузьма и Демьян…» До этого времени в актах владельцем села назывался С.Г. Чубаров.
Царь Борис умел богатеть. К концу своего сравнительно недолгого правления он стал одним из самых богатых землевладельцев государства. В Московском уезде на землях, прилегавших к столице, ему кроме Козьмодемьянского принадлежали роскошно обстроенные и благоустроенные Большие Вяземы. По роскоши двор Бориса не уступал двору самого Грозного. Нидерландский купец Исаак Масса, оставивший «Краткое известие о Московии начала XVII века», описывает прием жениха царевны Ксеньи Борисовны: «Царь Борис во всем своем величии восседал на возвышенном троне, за столом по правую руку от него сидел сын его Федор, царевич Московский, а рядом с ним герцог… и царь ел и пил из посуды чистого золота, также царевич и герцог, а остальные по большей части из серебряной, и угощение было чрезвычайно великолепно, и все веселились от полуночи до ночи; в Кремле повсюду горели огни на особо приготовленных высоких жаровнях… И царь приставил к нему (герцогу. — Н. М.) Семена Никитича Годунова, своего дядю, прозванного правым ухом царевым, ибо ему вверены были сокровища и тайны царские; он был также человек весьма жестокий».
Мечта Бориса — основание новой, годуновской, династии. О ней гордо возвещала вызолоченная надпись под куполом надстроенной колокольни Ивана Великого. Сбыться его мечте не довелось. Провозглашенный царем Федор Борисович был задушен вместе с матерью, урожденной Скуратовой. Годуновские владения отписаны на других владельцев.
Это было одно из немногих приметных государственных дел мужа царицы Арины: при Федоре Иоанновиче устанавливается в 1589 году патриаршество. Только сказалась здесь не религиозность безвольного царя, но расчет все того же Бориса Годунова. Державший его руку первый патриарх Иов должен был стоять на страже годуновских интересов со стороны церкви.
Борис не ошибся: Иов до конца сохранил верность его семье. Отстаивал интересы самого Бориса, стал на сторону царевича Федора Борисовича, увещевал правителей соседних государств не верить Лжедмитрию, предал Самозванца анафеме и объявил, что под его именем скрывается беглый монах кремлевского Чудова монастыря Гришка Отрепьев. Приход в Москву Самозванца означал конец патриаршества Иова, немедленно отрешенного от престола и отправленного в жестокую ссылку.