Сначала все так и пошло — по мыслям вдовой царицы. Русская история не знала подобного прецедента, но здесь защитником прав Ирины выступил сам патриарх. Он разослал по епархиям приказ целовать крест царице, другое дело, что непонятным для всех образом клятва на верность перечисляла вместе с Ириной патриарха, правителя Федора и его детей. Летописцы возмутились новшеством: «А первое богомолие за нее, государыню, а преж того ни за которых цариц и великих княгинь бога не молили ни в охтеньях, ни в многолетье». Народ не скрывал неудовольствия «шайкой Годуновых», бояре считали, что престол должен перейти кому-либо из Рюриковичей. В строю претендентов первое место принадлежало боярам Шуйским, никак не костромичам.
Борис знал, что среди вызванных для участия в Земском соборе слишком много его недоброжелателей, и распорядился задержать их на пути в Москву. Но справиться с народом и боярством московским не удалось и на 7-й день после смерти Федора правительница вынуждена была публично заявить в Кремле, что хочет принять иноческий сан. Постричься, но не отказаться от власти, хотя в Новодевичий монастырь она уехала «простым обычаем», безо всяких церемоний. Среди претендентов были позиции двух братьев Романовых — Федора и Александра Никитичей. Раскол в Боярской думе вынудил Бориса сначала скрыться на своем кремлевском подворье, а позже бежать из Кремля к сестре в Новодевичий монастырь. Его интересы оставался представлять и защищать один патриарх, не пользовавшийся авторитетом среди боярства. Напротив — каждое его вмешательство в дела политические вызывало бурю негодования и оскорблений в адрес князя церкви.
17 февраля истек срок траура по Федору — приступили к избранию. Сторонники Бориса представили патриарху «хартию», в которой свидетельствовали, что якобы Грозный посетил больного Бориса и на пальцах показал, что Федор, Ирина и Борис для него равны, «как три перста», и что также показал Федор о Борисе. Явная ложь.