Развитие научного метода потребовало полной ревизии медицины. Потребовались изменения преподавания в медицинских учебных заведениях, чтобы подготовить и выпустить поколение новых врачей. Эти изменения происходили медленно, и в то время, пока происходило становление и внедрение научного метода в медицине, рядом с ним развивалась форма лечения, воплотившая в себе самые мистические элементы учения Парацельса. Этот способ лечения был назван его автором, Ганеманом, гомеопатией. Теория гомеопатии зиждется на двух концепциях – утверждении, что «подобное лечится подобным»
Ганеману с его гомеопатией сопутствовал успех, и именно вследствие этого успеха гомеопатическое лечение стали практиковать многие врачи. Секрет успеха не в тех лекарствах, которые применяли и применяют гомеопаты, – они назначают настолько ничтожные дозы, что нет никаких оснований ожидать вообще какого бы то ни было эффекта. Гомеопаты, фактически, вообще не вводят лекарств, ибо Ганеман проповедовал принцип, согласно которому чем меньше доза, тем больше эффект. Если бы Ганеман сказал не «больше эффект», а «лучше результат», то был бы намного ближе к истине, ибо в то время дипломированные врачи давали больным избыточно большие дозы сильнодействующих, а подчас и ядовитых лекарств, то есть причиняли вред своим пациентам. Ничтожные дозы, применявшиеся гомеопатами, не приносили никакой пользы, но зато не причиняли и вреда. Больные соблюдали постельный режим и, как говаривал Паре, «Бог исцелял их». Разницу между гомеопатами и аллопатами, как называли первых дипломированных врачей, можно выразить следующим сатирическим афоризмом: пациенты гомеопатов умирали от болезней, а пациенты аллопатов умирали от лечения.
Мода на гомеопатию была недолгой; вскоре гомеопатию сменила научная медицина, которая показала, что какой-то практической ценностью обладают очень немногие лекарства, но они незаменимы и назначать их надо в достаточных, а не гомеопатических дозах. В 1860 году, когда научная медицина только начинала оказывать влияние на врачебную практику, Оливер Уэнделл Холмс писал: «Отбросьте опиум, предписанный к употреблению, видимо, самим Создателем, ибо мы часто видим алые маки на пшеничных полях. Если Он смог предусмотреть, что будут голодные, коих надо будет накормить, то предвидел Он и боль, которую надо утолить. Отбросьте несколько специфических лекарств, открытых отнюдь не врачами; отбросьте вино, каковое одновременно является пищей, отбросьте пары, производящие чудо анестезии, и – я твердо убежден в этом – всю остальную materia medica, в том виде, в каком ее теперь применяют, можно утопить на дне морском – так будет лучше для человечества и хуже для рыб».