Медицинское учение Парацельса перегружено массой астрологического, мистического и алхимического вздора. Парацельсу случалось бывать на Востоке, и там, как и в других странах, он приобрел поверхностные познания в метафизике. Однако медицинские идеи Парацельса намного опережали его время. Ни в одном из тогдашних языков не было подходящих слов, и Парацельс, не имея возможности просто и ясно изложить свои мысли, был вынужден прибегать к туманному языку мистицизма. Одним из следствий явилось то, что мистицизм Парацельса стали рассматривать как вклад в теософию, и, вне связи с его важным вкладом в медицину, сочинения Парацельса стали одним из главных источников идеологии религиозных сект и таких тайных обществ, как розенкрейцеры. Но в действительности мистицизм был лишь оболочкой его трудов, ибо, невзирая на мистицизм, Парацельс не верил в одержимость демонами и в сверхъестественное происхождение болезней. В медицину Парацельс внес очень важный и положительный вклад. Он высмеивал абсурдность травяных микстур Галена, заменив их простыми и действенными лекарствами. Парацельс живо интересовался химией, которая в ту пору именовалась алхимией, и большую часть своих лекарственных средств он черпал из минеральных веществ. Среди них была и ртуть.
Парацельс был убежден, что для каждой болезни существует свое специфическое лекарство и его просто надо найти. Но, несмотря на свои декларации, Парацельсу в реальности удалось найти только одно специфическое лекарство, действенное в лечении определенной болезни. Таким лекарством стала ртуть в лечении сифилиса. Парацельс не только первым применил ртуть для лечения этой болезни, но описал ее стадии и отметил передачу его детям.
Сифилис был тогда для Европы новой незнакомой болезнью. Его появление пробило брешь в твердынях Галеновой фармацевтики. Гален был не знаком с сифилисом и не оставил описания лекарств для его лечения. В связи с этим многие врачи поначалу вообще отказывались лечить сифилис. Один врач из Менца писал в 1532 году: «Сначала несчастные, зараженные этим недугом, были изгнаны из общин, так как на них смотрели как на разлагающиеся трупы. Оставленные врачами (которые ни давали им советов, ни навещали их), они бежали в поля и леса и вели там жизнь диких зверей». Было испробовано множество трав, но ни одна из них не действовала на новую болезнь. В отличие от острых заболеваний, когда больной либо умирает, либо выздоравливает, сифилис прогрессирует медленно, поэтому неудачи в лечении сразу становились очевидными. Смолу гваякового дерева туземцы Гаити использовали как лекарство. Эту смолу завезли в Европу и стали широко и безуспешно применять для лечения сифилиса. Испробованы были также сарсапарель и сассафрас, но без видимого эффекта. Пока врачи пытались пользовать сифилис травами или вообще отказывались его лечить, бродячие лекари и цирюльники принялись лечить его ртутью. Успех заставил врачей тоже обратиться к этому средству. Эффективность ртути способствовала популярности идеи о лечении болезней минеральными веществами, выдвинутой Парацельсом.
Эти минеральные вещества были мощными ядами, и – за исключением лечения сифилиса – их применение не давало никаких преимуществ, но было чревато серьезнейшими осложнениями, что было их главным недостатком. Тем не менее, начав применять неорганические вещества, врачи стали назначать их регулярно и в больших дозах. Больным сифилисом ртуть давали внутрь и втирали ее в кожу до тех пор, пока изо рта не начинала обильно течь слюна, не расшатывались зубы, а здоровье постепенно не разрушалось от ядовитого воздействия ртути. Более мягкие растительные слабительные были заменены каломелью, которую дозировали чайными ложками. Виннокаменная соль сурьмы применялась в тогдашней медицинской практике как рвотное и слабительное средство.
Парацельс применял сурьму под названием «стибиум», но позже (в английском языке) это название поменялось и стало общеупотребительным после публикации в 1604 году книги, озаглавленной The Triumphant Chariot of Antimony («Триумфальная колесница сурьмы»). Автором книги значился некий монах по имени Бэзил Валентайн, но едва ли такой человек вообще существовал, и книга, скорее всего, была написана алхимиком. Происхождение названия (английского) «антимоний» следующее. Автор утверждает, что якобы наблюдал, будто свиньи, поедая корм, содержавший сурьму, хорошо прибавляли в весе и нагуливали жир. Это наблюдение навело автора на мысль попробовать дать сурьму монахам, истощенным многодневными постами. Эксперимент был поставлен, но все монахи умерли. Название «стибиум» было заменено на «антимоний», то есть направленный против монахов.