Присутствие государя в армии создавало ряд неустройств. Многие из близких людей замечали это неудобство, и в числе их был адмирал Шишков. Как раз в то самое время, когда последний обдумывал план о том, чтобы предложить государю удалиться из действующей армии, к нему для пересмотра принес флигель-адъютант Чернышев черновой приказ государя по армии, в котором, между прочим, говорилось: «Я всегда буду с вами и никогда от вас не отлучусь». Эта фраза, соответствовавшая настроению государя, привела Шишкова в отчаяние и побудила его решиться на довольно смелое предприятие. Известно, что, благодаря убеждениям Шишкова, Аракчеев и Балашев подписали известную записку к государю, в которой все трое убеждали государя оставить действующую армию. Александр подчинился настоянию друзей и передал фактическое руководство делом Барклаю-де-Толли, удалившись в столицу.
Аракчеев (грав. Вендрамини)
Но удалившись из армии, передав командование войсками генералам, император, однако, прибегает к очень сложной системе руководства военными действиями и осведомления о том, что делается в армии. В этой системе прежде всего нельзя не отметить особой системы назначения начальствующих лиц и частных сношений государя с подчиненными начальникам армии генералами. Во всем этом сказалась обычная черта характера Александра I. Так, Ермолов был назначен начальником штаба при Барклае-де-Толли и облечен особым правом писать лично государю, когда он это сочтет нужным; между тем Барклай считал Ермолова в числе своих врагов и не доверял ему. В угоду общественному мнению, жертвуя собственным убеждением, государь назначает главнокомандующим Кутузова, но, не доверяя старику, он при нем назначает начальником штаба генерала Беннигсена, к которому отношения Кутузова были в высшей степени неприязненными. Впоследствии дело дошло до того, что уклончивый Кутузов должен был поставить вопрос в том виде, что он или барон Беннигсен, но кто-нибудь один должен начальствовать. Мало того, при Беннигсене в армии появляется английский агент Роберт Вильсон, который пытается руководить армией. Вильсон был злым гением Кутузова, постоянно критиковал его действия и следил, шаг за шагом, за тем, что делал Кутузов. Вообще Вильсон, благодаря занимаемому им положению, надменно относился к главнокомандующему и о всяком шаге его доводил до сведения императора в интимной переписке. Так, Вильсон в письме 23 сентября сообщает о предположении Кутузова иметь свидание с генерал-адъютантом Наполеона и высказывается по этому поводу весьма отрицательно. В письме от 27 сентября Вильсон сообщает о некоторых распоряжениях Кутузова, касающихся партизанских действий, и тут же высказывает предположение о том, что адмирал Чичагов будет ему время от времени сообщать «свои желания». В письме от 13 октября очень неодобрительно отзывается о бездействии и медлительности фельдмаршала, вследствие которой он не воспользовался должным образом результатом победы над Мюратом. Тут же он передает, что Кутузов не имеет иного желания, как только, чтобы неприятель оставил Россию, между тем как от него зависит избавление целого света. Поэтому он считает престарелого фельдмаршала вообще неспособным к занимаемому им месту. Вообще Вильсон во всяком письме к императору, подчеркивая медлительность и нераспорядительность фельдмаршала, настойчиво проповедует мысль о необходимости полного уничтожения Наполеона. Он даже вмешивается в назначение генералов. Так, например, он очень настойчиво поддерживает генерала Платова и добивается того, что ему дан был самостоятельный отряд.