Сотрудники «Журнала Московской Патриархии» постоянно наблюдали за прессой, и журналу регулярно сообщали обо всех статьях, где были намеки на религию: работники этой службы взмолились, т. к. каждый день выходило столько статей, где изобличали религию, что физически невозможно было их собрать. Впервые после войны начал издаваться новый антирелигиозный журнал под названием «Наука и религия». Антирелигиозные брошюры и книги выходили миллионными тиражами. Одна из первых была обязана своим появлением бывшему преподавателю семинарии и называлась «Почему я перестал верить в Бога». Под таким давлением несколько священников отступили от веры и пресса, разумеется, всякий раз устраивала большой шум.
Больше половины церквей было закрыто. Местные ответственные работники, как правило, делали это грубо, ломая все, что находилось внутри храма. Иной раз в течение одного дня закрывали до ста пятидесяти церквей.[77]
Священники, лишившись своих приходов, с семьями и без всяких средств к существованию, нередко бывали вынуждены идти по миру. Было значительно уменьшено число монастырей. Из ста существовавших после войны осталось лишь шестнадцать. Пять семинарий были ликвидированы. Продолжали свое существование только три семинарии в Москве, Ленинграде и Одессе и две духовных академии в Москве и Ленинграде.Возобновились аресты, было организовано несколько процессов над духовными лицами, но в целом власти предпочитали теперь действовать либо административными методами, ссылаясь на мотивы безопасности, планы города, санитарные условия и т. д., либо оказывая давление на Патриархию и духовенство. Вмешивались во все, прежде всего, в перемещение епископов.[78]
Упоминание об этих действиях, плохо завуалированных, можно найти в конфиденциальном докладе, написанном несколько лет спустя и ставшем известным благодаря утечке. Речь здесь идет о монастырях, но подобным же образом поступали и с церквами: «Руководствуясь указаниями директивных органов, за последние годы на местах проведена значительная работа по сокращению сети монастырей. В этих же целях использовано и возросшее влияние Совета по делам Русской Православной Церкви на патриархию и епископат. Руками церковников было закрыто несколько десятков монастырей. В 1963 году под благовидным предлогом (оползни в пещерах, необходимость исследования грунта и реставрации) была закрыта Киево-Печерская лавра, привлекавшая до 500 тысяч паломников».[79]
Патриарх был старым, в 1957 году ему исполнилось восемьдесят, секретарь оберегал его от всех внешних контактов. Однако митрополит Николай, занимавший в Церкви второе после Патриарха место, все же пытался реагировать на происходящее.[80]
После 1945 года именно он был инициатором политики компромиссов между Церковью и государством, надеясь, что оно отплатит взаимностью, он изо всех сил старался выгородить СССР перед лицом мира, поэтому его даже порою называли «вторым министром иностранных дел»; митрополиту удалось воздействовать на патриотические чувства русских эмигрантов, побуждая их возвращаться в Советский Союз, и т. п.Поэтому новое антирелигиозное наступление означало провал его усилий. Ему удалось убедить Патриарха воспользоваться Конгрессом в защиту мира, на который тот был приглашен, и открыто сказать о новых нападках на Церковь со стороны властей. Но власти не дремали и сумели оказать давление на Патриарха. В результате он отстранил от дел владыку Николая. Несколько месяцев спустя тот, всеми покинутый, скончался.[81]