Впрочем, на том памятном совещании в РСПП между Ходорковским и Путиным случилась еще одна пикировка. В какой-то момент глава ЮКОСа обратился к президенту с просьбой разрешить компании построить нефтепровод в Китай. Путин отказал, мотивировав тем, что Россия собирается строить нефтепровод до Находки. На что Ходорковский ответил, что он как раз предлагает сэкономить бюджетный деньги, потому что нефтепровод до Китая, который обойдется в три миллиарда долларов, компания собиралась строить на собственные (привлеченные) средства и по большому счету ему от государства нужно только формальное разрешение. Владимир Путин оставался непреклонен. И тогда, по свидетельству очевидцев, Михаил Ходорковский произнес сакраментальную фразу: «Владимир Владимирович, боюсь, вы не понимаете всей важности выстраивания отношений с Китаем».
После совещания несколько человек посоветовали Ходорковскому немедленно покинуть Россию. Михаил Борисович действительно на какое-то время уедет из страны, но вскоре вернется, а после ареста Лебедева скажет в интервью «Ведомостям»: «Посадят – буду сидеть, но из страны не уеду». Такую стратегию поведения избрали не все руководители ЮКОСа. В августе, после вызова на допрос в Генпрокуратуру, уезжает в Израиль один из ближайших соратников Ходорковского Леонид Невзлин, еще раньше из страны уезжает бывший президент компании «ЮКОС – РМ» Михаил Брудно. Очевидно, что это была заранее согласованная стратегия: часть топ-менеджмента должна была избежать рисков посадки, чтобы продолжить борьбу за компанию.
Михаила Ходорковского задержали 25 октября 2003 года в новосибирском аэропорту «Толмачево», в котором самолет главы ЮКОСа приземлился для дозаправки. Михаил Борисович летел из Нижнего Новгорода в Иркутск: в Иркутске он планировал выступить на заседании Школы открытой политики (одного из важнейших просветительских проектов ЮКОСа).
Выбор времени и места задержания крупнейшего на тот момент бизнесмена России свидетельствует о том, что чекисты всерьез подошли к изоляции Ходорковского. Их ставка на внезапность ясно дает понять – у властей не было стопроцентной уверенности в том, что задержание пройдет без эксцессов. Отсюда и формат всей спецоперации – промежуточный пункт назначения, блокировка самолета двумя автобусами, захват борта силами спецназа ФСБ. Впрочем, фактически никакого штурма не было и сопротивления силовикам никто не оказал. Ходорковского увели в отдельное помещение в здании аэропорта, а еще через пару часов специальным бортом отправили в Москву.
Дальше всё происходило с комической скоростью. Сразу из аэропорта Ходорковского везут в Следственное управление Генпрокуратуры, где предъявляют обвинения по нескольким статьям Уголовного кодекса, а спустя пару часов Басманный суд Москвы арестовывает его до 30 декабря.
Сегодня и участники тех событий, и многочисленные эксперты сходятся в том, что решение уничтожить компанию ЮКОС и изолировать ее руководителей (разумеется, в первую очередь – Михаила Ходорковского) принимали, исходя из множества причин и учитывая множество факторов – как политических, так и экономических и даже общегуманитарных.
Осенью 2003 года в России должны были состояться парламентские выборы, первые после воцарения Владимира Путина на посту президента России. Уже в то время ни для кого не было секретом, что ЮКОС поддерживает ряд политических сил. «Знаешь, что больше всего напрягло тогда Путина? – говорил мне один из экспертов, близких в то время к Администрации президента. – Ходорковский же поставил на баланс не только "Яблоко" и СПС, что было бы понятно: крупный бизнес поддерживает либеральные партии. Но и, скажем, КПРФ. То есть дело не в идеологических предпочтениях, налицо попытка окучить всю поляну. В Кремле она была интерпретирована как операция по перехвату контроля над думским большинством. А дальше свое дело сделал доклад Белковского. И вот уже Путину кладется на стол служебная записка, из которой следует, что в планы ЮКОСа входит переформатирование политической системы России в парламентскую республику с введением жестких ограничений на полномочия президента. Конечно, Путин испугался».
Доклад политолога Станислава Белковского с громким названием «Государство и олигархи» был опубликован еще в мае 2003 года, то есть почти за полгода до ареста Ходорковского. В нем автор прямо упоминает «олигархический переворот», начав который крупный бизнес собирается вернуть себе контроль над политикой в России. Позже в одном из интервью г-н Белковский скажет:
«Я и сегодня могу подписаться под каждым словом этого доклада <…> Это не было заказом. Я был против идеи Ходорковского усилить роль парламента в России, и, я уверен, что не мой доклад оказался главной причиной разгрома ЮКОСа и ареста Ходорковского. Скорее, он сыграл психологическую роль, но отнюдь не решающую».