Процесс вышел далеко за юридические рамки, это было столкновение мировоззрений. Брайан утверждал: «Если теория эволюции верна, то христианству наступает конец». Дэрроу парировал: «Да, дело не в Скоупсе, а в самой цивилизации». Он говорил о прогрессе, развитии науки, свободе исследования, пугал Средневековьем. Скоупс утверждал, что обязательный учебник по биологии «Hunter’s Civil Biology» содержал в себе некоторые рассуждения в стиле евгеники, что косвенно предполагало теорию эволюции. Вообще-то он не был уверен, что он действительно преподавал дарвинизм.
На седьмой день процесса Дэрроу устроил настоящий экзамен Брайану на предмет его мировоззрения. Он спросил его, как тот понимает библейские чудеса: трехдневное пребывание Ионы в чреве кита, создание Евы из ребра Адама, а также дни творения. Брайан засвидетельствовал свою твердую веру в чудеса, а по поводу дней творения сказал, ссылаясь на Быт. 2, 4 (где в английском переводе все время творения называется «днем»), что их следует понимать не буквально, а как указание на периоды неопределенной продолжительности. Дэрроу обвинил Брайана в том, что он безграмотен как в Св. Писании, так и в биологии. Свидетели защиты принялись увлеченно рассказывать о последних открытиях науки: пилтдаунском человеке, жаберных щелях у человеческого эмбриона, о наличии в человеческом организме 180 рудиментарных органов, унаследованных от более примитивных предков. Они также указали Брайану, что в штате Небраска в 1922 г. было найдено ископаемое «промежуточное звено» в виде окаменевшего зуба одного из предков человека. Суду была продемонстрирована живописная картинка, где было представлено семейство предполагаемого предка. Вся реконструкция была произведена на основе единственного зуба. Защита и свидетели не стеснялись в выражениях, так что Брайан подвергся настоящему высмеиванию. Представители прессы были на стороне защиты. В то же время знания Брайана по теории эволюции в чем-то оказались глубже, чем у защиты. Далее была очередь Брайана экзаменовать Дэрроу, но председатель суда решил, что подобные мировоззренческие дебаты неуместны в зале суда. Это решение было спровоцировано неожиданным заявлением Дэрроу в том, что защита признает обвинения в адрес своего подзащитного обоснованными. Речь Брайана, таким образом, не прозвучала, и соответственно, не попала в широко опубликованные материалы судебного процесса. Возможно, Дэрроу опасался вопросов Брайана. Кроме того, защите нужно было не столько оправдание Скоупса, сколько демонстрация антиконституционности антиэволюционного закона штата, что было возможно осуществить через обращение в Верховный суд штата.
После восьми дней заседания Скоупс все-таки был признан виновным и был присужден к минимально возможному штрафу (в случае, если его накладывает жюри) размером в 100 долларов. Адвокаты Скоупса обратились с апелляцией в Верховный суд штата. Четвертый пункт апелляции содержал обвинение в том, что была нарушена Первая поправка к Конституции, запрещающая установление официальной религии, что якобы предполагалось антиэволюционным законом штата. Верховный суд штата отклонил вместе с тремя предыдущими и этот довод, заявив, что отрицание теории эволюции не означает признание какой-либо религии.
Признав, таким образом, конституционность антиэволюционного закона, Верховный суд штата признал также решение городского суда справедливым, но снизил размер штрафа до 50 долларов по процедурной причине. Размер штрафа должно было определять жюри (присяжные), а не судья, который к тому же не мог назначить размер штрафа более чем в 50 долларов. Формально это означало пересмотр приговора, что исключало дальнейшие апелляции. Деятели «Союза» были явно разочарованы. «Союз» заплатил в казну штата штраф 50 долл., а также 328 долл. в счет судебных издержек. В целом же процесс обошелся «Союзу» в 10 тыс. долл.
Высмеянный Брайан скончался через несколько дней после процесса, видимо, на нервной почве.
Судебный процесс привлек большое внимание, транслировался по радио и получил большую прессу. Первые страницы газет, включая