Таковы в общих чертах были условия, которых могли ожидать от мусульманских захватчиков христианские общины. Но константинопольские греки получили одну особую уступку. Жалкие мелкие посольства, которые поспешили к султану с ключами от своих кварталов, пока он выжидал перед тем, как войти в захваченный город, были вознаграждены за свою предприимчивость. Официально победитель, по-видимому, лишь потребовал превратить в мечеть Софийский собор. Во всех местах, за исключением взятых под защиту районов Петрион, Фанар, Студион и Псамафия, христиане потеряли свои церкви. Почти все они были дочиста разграблены и осквернены, а кварталы, где они стояли, подверглись разорению. Бессмысленно было пытаться их восстановить и освятить заново, даже если бы христианам это и разрешили. Оставшегося числа церквей было вполне достаточно, оно даже превысило надежды оптимистов и позднее озадачивало турецких законоведов, которые никак не могли понять, почему в городе, взятом штурмом, побежденным вообще оставили хоть какие-то святыни.
Такое положение дел устраивало султана-победителя, ибо он решил поселить в этих кварталах своих греческих подданных в Константинополе, а им нужны были дома для отправления богослужений. Но шло время, и его решения были забыты. Одну за другой у христиан забирали старые церкви и превращали в мечети, пока к XVIII веку у них не осталось всего три храма византийских времен: церковь Святой Марии Монгольской, сохраненная особым декретом завоевателя для его любимого архитектора Христодула Грека, и две часовенки, такие маленькие, что их просто не заметили, – Святого Дмитрия Канаву и Святого Георгия Кипарисского. В остальных местах христиане ходили в новые церкви неприметного вида, который не оскорблял глаз победоносных мусульман.
Сам патриарх Геннадий положил этому начало. Церковь Святых Апостолов, отданная ему Мехмедом, нуждалась в ремонте, и привести ее в порядок стоило бы больших денег, если бы христианам, конечно, разрешили отстроить столь великолепное сооружение. Район, где она стояла, заселили турки, которых возмущало ее присутствие. Потом, вероятно летом 1454 года, во дворе церкви нашли труп некого турка. Разумеется, его туда подложили, но эта находка дала туркам предлог поднять громкий ропот. Геннадий осмотрительно попросил разрешения перенести свою резиденцию в другое место. Собрав все хранившиеся в церкви сокровища и реликвии, он перевез их в квартал Фанар, в церковь Богородицы Паммакаристы (Всеблаженной) при женском монастыре. Монахинь переселили в здания, примыкавшие к расположенной неподалеку церкви Святого Иоанна в Трулло; а Геннадий со своим штатом переехал в монастырь. Паммакариста оставалась патриаршей церковью более века. Туда султан-победитель приезжал навестить своего друга Геннадия, к которому со временем проникся большим уважением. Он не входил в саму церковь из опасений, как бы ревностные мусульмане потом не использовали это как предлог, чтобы отнять церковь, и с Геннадием они беседовали в боковой часовне, чья изысканная мозаика ныне снова открыта взорам всего мира. Они обсуждали политику и религию, и по просьбе султана Геннадий составил для него краткий и миролюбивый трактат, в котором разъяснял и оправдывал те пункты, по которым христианское вероучение отличается от исламского. Но вся дипломатичность султана пошла прахом. В 1586 году его потомок Мурад III присвоил церковь и превратил ее в мечеть.