Мехмеду было двенадцать лет, когда Мурад, подписав перемирие с королем Владиславом, решил удалиться от дел, оставив империю на попечение сына. Для этого ему прежде всего необходимо было подавить беспорядки в Анатолии, но, когда Мурад еще был занят этим, пришло известие о движении христиан к Варне. Везир Халиль-паша просил султана незамедлительно вернуться в Европу, тем более что он был также встревожен поведением юного Мехмеда. Мурад надеялся, что его сын будет находиться под опекой Халиля, его старого верного друга. Однако мальчик с самого начала обнаружил твердое намерение поступать по-своему. Не успел Мурад еще покинуть Анатолию, как между везиром и наследником престола произошло столкновение из-за персидского дервиша-еретика, с которым Мехмед подружился. Везир Халиль, сам сын и внук везира и ортодоксальный мусульманин, решительно выступил против дервиша, и Мехмеду пришлось отдать того верховному муфтию Фахреддину, который подговорил чернь сжечь еретика. При этом муфтий так беспокоился о том, чтобы получше раздуть пламя, что, оказавшись слишком близко к костру, опалил себе бороду[106].
Так или иначе, когда Мурад вернулся после победы под Варной, его не удалось отговорить от решения уйти; и Мехмед был сделан правителем империи под опекой Халиля. Этот эксперимент тоже оказался крайне неудачным. На албанской и греческой границах шла война. Мехмед разгневался на своих опекунов за то, что те отвергли как совершенно неосуществимые его планы нападения на Константинополь. Его вызывающие манеры и высокомерие оттолкнули от него и двор, и простой народ. Однако наиболее сильное недовольство проявляла армия. Чтобы избежать открытого восстания, Халиль уговорил Мурада вернуться в Адрианополь и вновь стать во главе государства. Его возвращение осенью 1446 г. было встречено всеобщим ликованием; Мехмеда же отправили в Манису — место прерванного уединения его отца[107].
Возможно, что в то время Мурад собирался лишить Мехмеда права наследования престола. У него теперь была жена благородного происхождения, дочь эмира Ибрагима Чандароглу, семья которого уже имела родственные связи с Оттоманским домом, и вскоре она должна была подарить ему сына[108]. Однако некоторое время спустя султан пришел к другому мнению: после двух лет ссылки Мехмед был снова призван ко двору, чтобы принять участие в походе против Хуньяди, закончившемся победой на Косовом поле. В начале того же года его наложница Гюльбехар, дочь Абдуллы, по-видимому принявшего ислам албанца, родила Мехмеду сына Баязида[109]. Мурад неодобрительно отнесся к этой связи. В 1450 г. он заставил Мехмеда жениться на Ситт-хатун, дочери богатого туркменского эмира Сулеймана Зулькадроглу, властителя Малатии. Свадьба была отпразднована с особой пышностью. Но Мехмед оставался холоден к навязанной ему жене. Она оказалась бездетной и, забытая мужем, прожила остаток своих дней в гареме султана в Адрианополе[110].
В последний период отцовского правления к Мехмеду относились уже с большей симпатией. Время от времени он появлялся при дворе и сопровождал султана в одном или двух его походах. Однако он часто возвращался в свой дворец в Манисе. Он находился там в августе 1450 г., когда умерла его мать. Мехмед позаботился о том, чтобы ее с почестями похоронили в Бурсе, причем в ее надгробной надписи было непосредственно упомянуто имя Мурада. Он был там и в тот момент, когда 2 февраля 1451 г. в Адрианополе скончался от апоплексического удара сам Мурад[111].