Время жизни Моцарта совпало с пробуждением в Европе огромного интереса к духовно-мистическим учениям. В относительно спокойный период середины XVIII века наряду со стремлением к просвещению, поисками интеллектуального и общественно-образовательного порядка (французское просвещение, энциклопедисты) возникает интерес к эзотерическим учениям древности. 14 декабря 1784 года Моцарт прошел посвящение в степень ученика вольного каменщика, а к 1785 году уже был инициирован в степень мастера-масона. То же самое происходило в дальнейшем с Йозефом Гайдном и Леопольдом Моцартом (отцом композитора), которого посвятили в степень мастера-масона через 16 дней после вступления в ложу.
Есть несколько версий присоединения Моцарта к масонскому братству. По одной из них поручителем при поступлении в венскую ложу Zur Wohltatigkeit («Во имя благотворительности») был его друг и в будущем либреттист «Волшебной флейты» Эммануэль Шиканедер. В число выдающихся братьев ложи входили философы Рейхфельд и Игнац фон Борн. В дальнейшем по рекомендации самого Моцарта в ту же ложу был принят и отец Вольфганга – Леопольд Моцарт (в 1787 году).
Став мастером-масоном, Моцарт в течение короткого времени создал немало произведений, предназначенных непосредственно для исполнения во время ритуалов в ложе. Как указывает А. Эйнштейн: «Ощущал ли Моцарт противоречие между принадлежностью к масонству и в то же время к католичеству? И да, и нет. В те времена добрый католик свободно мог оказаться масоном. Разумеется, ему следовало быть «просвещенным» католиком и, принимая решение, знать, что он рискует навлечь на себя недоверие и презрение церкви. Моцарт был страстным, убежденным масоном, совсем не таким как Гайдн, который, хотя таковым и числился, с того момента, как его приняли в братство вольных каменщиков, ни разу не участвовал в деятельности ложи и не написал ни одной масонской вещи. Моцарт же не только оставил нам ряд значительных произведений, написанных специально для масонских обрядов и торжеств, – сама мысль о масонстве пронизывает его творчество. Масонство воплощало для него стремление к нравственному очищению, труд на благо человечества, примирение со смертью. При этом надо подчеркнуть, что такую артистическую натуру, как Моцарт, могла привлекать и тщательно разработанная символика масонства. Символика католической церкви, ее церемониал были Моцарту хорошо известны. А вот таинственные символы ложи были ему внове. Его как ребенка забавляли некоторые особенности масонских обрядов, и это вполне отвечает его характеру».
Наиболее насыщена взглядами, идеями и символами масонства опера «Волшебная флейта» (1791), либретто к которой, напомним, написал масон Эммануэль Шиканедер.
Центральным образом оперы является жрец Зарастро, в чьих философских декларациях присутствуют важнейшие масонские триады: сила, знание, мудрость, любовь, радость, природа. Как пишет Т.Н. Ливанова, «…победа мудрого Зарастро над миром Царицы ночи имеет морально-поучительное, аллегорическое значение. Моцарт даже приблизил эпизоды, связанные с его образом, к музыкальному стилю своих масонских песен и хоров. Но видеть во всей фантастике «Волшебной флейты» прежде всего масонскую проповедь – значит не понимать многообразия моцартовского искусства, его непосредственной искренности, его остроумия, чуждого всякой дидактике».
В музыкальном плане, как отмечает Т.Н. Ливанова, «в дуэте и хорах жрецов из первого акта заметно большое сходство с простым и довольно строгим гимнически-бытовым характером масонских песен Моцарта, их типичным диатомизмом, аккордовым многоголосием».
Основной тональностью оркестровой увертюры является тональность ми бемоль мажор, имеющая в ключе три бемоля и характеризующая добродетель, благородство и покой. Эта тональность использовалась Моцартом нередко и в масонских композициях, и в поздних симфониях, и в камерной музыке. Кроме того, в увертюре настойчиво повторяются три аккорда, что снова напоминает о масонской символике.
Существуют также иные точки зрения на взаимоотношения Моцарта и масонства. В 1861 году была опубликована книга немецкого поэта Г.Ф. Даумера, сторонника теории масонского заговора, который полагал, что изображение масонов в «Волшебной флейте» является карикатурой.