Велика роль М. И. Матусевич в подготовке молодых научных исследователей. На протяжении всей своей работы в ЛГУ Маргарита Ивановна руководила дипломными работами студентов, представлявшими собой вполне оригинальные, хотя и небольшие экспериментально-фонетические исследования. Под руководством М. И. Матусевич выполнены диссертации по фонетике русского, французского, якутского, индонезийского и других языков.
Научные интересы М. И. Матусевич лежали в области общей фонетики, фонетики русского и французского языков. Одной из первых её печатных работ был «Терминологический справочник по фонетике» (1934). Основные положения общефонетической теории, опирающиеся на идеи Л. В. Щербы, изложены М. И. Матусевич в учебном пособии «Введение в общую фонетику», которое выдержало три издания (1-е в 1941 г.[9]
, 3-е в 1959 г.) и на протяжении нескольких десятилетий было настольной книгой многих лингвистов. В этой книге в простой и ясной форме разъясняются главнейшие положения общей фонетики. Основное внимание обращено на классификацию и описание звуков речи. М. И. Матусевич показывает, что построение классификационных таблиц гласных и согласных вытекает из основных артикуляторных различий между этими типами звуков; подчёркивает необходимость при классификации согласных учитывать прежде всего активный действующий орган. Такой подход, в отличие от широко распространённого – с указанием места артикуляции, позволяет создать действительно универсальную и вполне последовательную классификацию согласных. На многочисленных схемах показана артикуляция описанных в книге гласных и согласных, для всех них приводятся примеры из разных языков мира. Уделено внимание и соотношению звучания и письма (для языков со звуковой письменностью); определены понятия алфавита, графики и орфографии, на материале разных языков кратко проанализированы основные принципы орфографии.Эта небольшая по объёму, но очень содержательная книга сыграла чрезвычайно важную роль в распространении фонетических знаний среди филологов самых разных специальностей. Позднее она была издана фототипическим способом в Китае.
Специально изложению взглядов Л. В. Щербы по ряду проблем общей фонетики посвящена статья Маргариты Ивановны «Л. В. Щерба как фонетик» в сборнике «Памяти академика Льва Владимировича Щербы» (1951). В ней рассматриваются сформулированные Л. В. Щербой принципы артикуляторного описания гласных и согласных, позволяющие создать их универсальную классификацию, более последовательную, чем в западноевропейских школах (соответствующие таблицы приведены тут же), и щербовская теория слогоделения, согласно которой слоговая граница определялась ослаблением мускульного напряжения артикулирующих органов. Несколько статей, посвящённых фонетическим взглядам Л. В. Щербы, написаны Маргаритой Ивановной в соавторстве со Львом Рафаиловичем Зиндером (К истории учения о фонеме // Изв. ОЛЯ АН СССР. 1953; Л. В. Щерба // Русская речь. 1965 и др.).
Ряд вопросов фонологической теории затронут Маргаритой Ивановной в очень содержательных примечаниях к 3-му (1948) и 4-му (1953) изданиям «Фонетики французского языка» Л. В. Щербы, вышедшим после смерти автора книги. М. И. Матусевич не просто интерпретирует иногда не вполне ясные положения Л. В. Щербы, но нередко и не соглашается с ним. Особенно важны здесь рассуждения о фонологической трактовке беглого [], о соотношении фонем и
Позднее для 2-го издания Большой Советской Энциклопедии Маргарита Ивановна написала ряд статей, в которых трактуются понятия и термины общей фонетики.