Основа монумента была задумана Микешиным в виде колоссальной державы - эмблемы царской власти, которая увенчана скульптурами, символизирующими православную веру и Россию. Вокруг державы размещались шесть скульптурных групп, соответствовавших по периодизации официальной дворянской историографии шести главным эпохам истории Русского государства. Отступление было допущено лишь в одной группе: Микешин заменил Михаила Федоровича Романова Ярославом Мудрым, первым законодателем России. Однако Эта замена, как и следовало ожидать, впоследствии была отвергнута.
На втором заседании совета Академии всесторонне рассматривались проекты Микешина, Горностаева и Антипова. Члены совета вновь отдали предпочтение проекту Микешина. Горностаев и Антипов предлагали памятник в виде одной аллегорической фигуры России. Проект же Микешина, как указывалось в протоколе заседания совета, изображая «группами эпохи первостепенной важности России», выражал историческое значение памятника в более доступной пониманию народа форме. Тем не менее совет Академии предложил художнику сделать ряд изменений в проекте. Например, было рекомендовано придать верхней группе более строгий и спокойный рисунок. В связи с этим предполагавшиеся Микешиным изображения двух ангелов сочли необходимым заменить в окончательном варианте фигурой одного ангела, поддерживающего крест державы и благословляющего Россию.
Пьедестал памятника в проекте сильно отличался от того, который был осуществлен.
В описании эскиза указывалось, что пьедестал «прост и четырехуголен». Далее подробно описывались помещенные в нем многочисленные исторические рельефы. На цоколе пьедестала проектировались профильные портреты крупнейших деятелей России. Таким образом, пьедестал отнюдь не был простым, а, наоборот, оказался сильно перегруженным и сложным по исполнению. Совет Академии указал на необходимость упростить его. В конце концов решили украсить пьедестал рельефами на сюжеты шести великих эпох, как это задумал в своем проекте И. И. Горностаев.
После рассмотрения в совете Академии проект Микешина был подан для утверждения царю.
Проект памятника «Тысячелетию России». Рисунок М. О. Микешина.
Когда проект был утвержден Александром II, встал вопрос об исполнителях скульптурных групп и рельефов памятника, так как Микешин не был скульптором и никогда ничего не лепил. Ему предстояло учиться у Шредера основным техническим приемам ваяния. Шредер же являлся учеником Академии, талантливым, но не имевшим профессионального опыта. Между тем сроки исполнения работы, такой огромной по объему, были слишком малы для одного-двух исполнителей. Поэтому совет Академии считал целесообразным привлечь к сотрудничеству нескольких скульпторов, которым поручить отдельные группы и рельефы пьедестала.
Для достижения стилистического и композиционного единства памятника Главное управление путей сообщения заказало Микешину и Шредеру его модель в одну пятую часть натуральной величины, «дабы вернее определить взаимоотношение всех фигур и частей».
Исполнение скульптур «со всей отчетливостью», как то требовалось в поставленном Шредеру условии, представляло колоссальный труд для малоопытного молодого мастера. Однако упорство и творческое горение победили.
Не зная отдыха, забывая о сне, работал молодой скульптор и выполнил ответственное поручение с честью. Он успел вылепить всю модель в назначенный срок, в течение четырех месяцев, и получил полное одобрение за высокое качество ее исполнения.
Создание модели имело огромное значение. Это был фактически монумент, который предстояло соорудить, но в меньшем масштабе. Модель должна была обеспечить единство и соразмерность, которые достигаются одним автором и легко утрачиваются при нескольких исполнителях. При наличии такой модели можно было поручить создание отдельных групп разным скульпторам, их задача состояла в увеличении групп модели до проектной величины.
В июле 1860 года Главное управление путей сообщения заключило со скульпторами контракты, по которым за лепку каждой фигуры в глине, затем за отливку ее в гипсе в двух Экземплярах с последующей доставкой на бронзовую фабрику было назначено вознаграждение в 4000 рублей. Скульптурные группы Михаила Романова, князя Владимира и Дмитрия Донского заказали известному скульптору академику Р. К. Залеману, фигуру Рюрика - академику П. С. Михайлову; Микешин и Шредер взяли на себя задачу исполнить группы Петра I, Ивана III и верхнюю, венчающую монумент.
Основную часть работы по лепке этих трех групп, состоящих из десяти колоссальных фигур, произвел Шредер. Микешину же было поручено общее наблюдение за ходом художественных работ и за сохранением единства в создававшемся монументе.