Братский корпус сооружен из кирпича в середине XVII в. одноэтажным на подклете со стороны крепостной стены и в западной части. Простиравшийся от Царицыных палат до Дворца, он в соответствии с линией этой стены имел в плане излом. Западное крыло в XIX в. разобрано, над восточным надстроен второй этаж, оформленный в псевдорусском стиле. От прежней архитектуры здания сохранились основа планировки типа келий “троен” и сводчатые перекрытия над подклетом. В 1950-х гг. Федоровым начато восстановление древних, крайне простых оконных и дверных проемов. Работы продолжены Пустоваловым в 1979 г.
Жилой корпус Духовных училищ выстроен в конце 1820-х гг. по проекту Д.Ф.Борисова в крайне сдержанных формах позднего классицизма. Компактное прямоугольное здание в два этажа сложено из кирпича и оштукатурено; в кладке частично использованы стены предшествующего Казначейского корпуса середины XVII в. Внутренняя организация с сенями на поперечной оси и решение фасадов подчинены принципу симметрии. Планировка с дортуарами учащихся на нижнем этаже и с квартирами преподавателей на втором изменена.
Крепостные стены и башни строились с 1650 по 1654 г. И.М. Шарутиным, незадолго перед тем окончившим “городовую стену” Троицкого Калязинского монастыря. Этим объясняется значительная общность форм обоих памятников. Стены с тремя ярусами боя с внутренней стороны имеют боевой ход на аркадах, защищенный глухим парапетом и тесовой кровлей, опирающейся на каменные, квадратные в сечении столбы. Снаружи снабженные машикулями и аркатурой, стены заканчиваются горизонтальным обрезом. Из семи башен сохранилось шесть: четыре угловых восьмигранных, одна о пяти стенах, шестая — Красная башня над Святыми воротами — квадратная, с караульнями по сторонам. Она служила парадным входом в монастырь. Основание башни прорезают сводчатые ворота и калитка, ведущие во внутренний дворик перед надвратной церковью. В свое время дворик разделялся невысокой стеной, отделявшей почетных богомольцев от рядовых, огибавших церковь с северной стороны. Все башни в 1970 — 1980-х гг. покрыты тесовыми шатрами по образцу древних. Работы, в основном произведенные Л.К.Россовым, завершили О.В.Скороход и Л.Э.Тэпфер.