Поговаривали, что незадолго до смерти княгиня Мария попросила свою прислужницу Наталью сыскать ей какую-нибудь знатную ворожею, чтобы та дала чадородное средство, так как после рождения сына Ивана она несколько лет не могла «затяжелеть». Ворожея потребовала принести ей пояс великой княгини, чтобы пропитать его чародейным зельем. Всего нескольких часов проносила заколдованный пояс Мария Борисовна. Внезапно она лишилась чувств и вскоре умерла в страшных муках. Тело ее распухло так, что не умещалось под покрывалом. Поползли зловещие слухи, что двадцатитрехлетняя княгиня Мария была отравлена.
Химический анализ, проведенный современными исследователями, показал, что останки Мария Борисовны содержат огромное количество цинка и много других токсичных минералов, что косвенно подтверждает версию об отравлении.
Через пять лет после смерти своей горячо любимой супруги великий князь Иван III женился вновь, и вскоре великая княгиня Софья Фоминична родила ему дочь, которая умерла через несколько дней. Вторые роды также были неудачны. Следующей вновь родилась девочка. По Москве поползли зловещие слухи, что грекиня – порченая, однако к радости Софьи спустя семь лет после бракосочетания она родила долгожданного наследника, которого окрестили Василием.
По слухам, пасынок Софьи, Иван Молодой, не просто невзлюбил мачеху с первого мгновения, а люто возненавидел ее. Впрочем, как и она его. Распри начались по поводу наследника престола. Неожиданно полный сил и здоровья Иван заболел. На ногах у него выступили и расползлись страшные гноящиеся язвы. Софья выписала из Венеции знатного лекаря Леона, однако все его старания оказались бессильны, и Иван Молодой скончался в страшных мучениях. Врачу отрубили голову, а по Москве поползли слухи об отравлении наследника «заботливой мачехой».
Вскоре и над головой Софьи нависли тучи: начались распри по поводу наследника престола. У Ивана III от старшего сына остался внук Дмитрий. Софья же родила ему сына Василия. Кому из них должен был достаться престол? Эта неопределенность стала причиной борьбы между двумя придворными партиями – сторонниками Дмитрия и его матери Елены Волошанки и сторонниками Василия и Софьи Палеолог.
Недруги наговорили великому князю, будто «грекиня» хочет отравить его внука, чтобы посадить на престол собственного сына, что ее тайно посещают ворожеи и колдуньи, готовящие ядовитое зелье. Результатом заговора стала опала Софьи и арест княжича Василия. Главные зачинщики были казнены, ворожеи утоплены, остальные заговорщики попали в темницу. Вот тогда-то великий князь Иван III и венчал Дмитрия на царство как наследника престола.
К 1499 году Софье удалось вернуть себе доверие мужа. С помощью придворных интриг она сумела добиться падения своей главной соперницы – Елены Волошанки. Великий князь запретил своему внуку Дмитрию называться великим князем и заточил его вместе с матерью в темницу, где тот в возрасте 25 лет скончался. Таким образом, борьба внутри великокняжеской семьи завершилась победой княжича Василия; в итоге он стал великим князем в обход законного наследника, чья ранняя смерть по сей день остается загадкой.