В годы Великой Отечественной войны Эрнст Теодорович выполнял важные поручения командования Главсевморпути: руководил эвакуацией полярников из Москвы, переброской Арктического института из блокадного Ленинграда в Красноярск, в качестве заместителя начальника Главка практически руководил Северным морским путём (Папанин в то время был уполномоченным ГКО в Архангельске и Мурманске).
Н.Н. Стромилов вспоминает эпизод, связанный с военными годами:
«Скончавшийся недавно слесарь-сборщик одного из московских заводов, Л.Д. Миронов, в прошлом партизанский радист, рассказывал мне вот что:
– Кренкеля мы не раз, бывало, вспоминали добрым словом в тылу врага. Да и как не вспомнить? Ведь нам, партизанским радистам, как и ему, приходилось держать связь в условиях, которые вряд ли назовёшь обычными. Лес. Мороз лютый, а костёр разжечь нельзя. Штормовой ветер, пурга. Или осенью по две недели, не переставая, хлещет затяжной ленинградский дождь. Сухой нитки на тебе нет. И всё-таки работаешь. Вспомнишь: на Кренкеля надвигались ледяные валы, ну а на нас – лавины карателей. Какая разница? Выдержал же Кренкель на льдине. И это было примером для нас». («Наш Кренкель», 1975).
Когда после войны возобновилась массовая работа в области радиолюбительства, Эрнст Теодорович стал заместителем председателя Комитета коротковолнового любительства Осоавиахима СССР, членом редколлегии журнала «Радио», председателем оргбюро Центрального радиоклуба. По его инициативе бюро ЦК ВЛКСМ и ЦС Союза Осоавиахима СССР приняли постановление «О развитии работы по коротковолновому радиолюбительству». Для повышения мастерства полярных радистов были организованы радиоклубы на Диксоне, в Тикси и Амдерме.
Однако налаженной жизни семьи Кренкелей подходил конец. Слово А.А. Афанасьеву, в то время начальнику Главсевморпути:
«В 1948 году в моём кабинете раздался звонок кремлёвского телефона.
– Товарищ Афанасьев, говорит секретарь ЦК Кузнецов. У вас работает Герой Советского Союза полярник Кренкель?
– Да, он начальник Управления полярными станциями, опытный и авторитетный руководитель, многие годы зимовал на полярных станциях ещё до зимовки на льдине с Папаниным. Лучший радист, председатель Общества радистов – коротковолновиков. И человек хороший, скромный. Арктику знает и любит.
– Подождите. Характеристика его у нас есть. Решение состоялось. Он освобождён от занимаемой должности, выполняйте решение ЦК.
– А если он пожелает поехать на зимовку в Арктику? Он ведь отличный полярник, – поспешил я.
– Откажите. – И в трубке раздались короткие гудки…
Вызвал, жду его и ничего не понимаю. Это третий Герой Советского Союза – папанинец, которого освобождают. Чехарда какая-то…». (Афанасьев, 2003).
Оставив работу в Главсевморпути, Эрнст Теодорович возглавил в 1948 году один из московских радиозаводов. А с 1951 года и до последнего дня его деятельность была связана с НИИ гидрометеорологического приборостроения в Москве. Здесь он возглавил лабораторию по проектированию автоматических метеостанций, затем – отдел морских метеостанций, а в 1969 году стал директором института.
Вспоминает Д.Я. Суражский, конструктор радиоаппаратуры, лауреат Государственной премии: