Работать в НИИ ГМП Кренкель начал с лаборатории автоматических радиометеорологических станций. У него был большой опыт практического использования подобной аппаратуры в сложных условиях Арктики. Всё это позволило Эрнсту Теодоровичу очень быстро проникнуть в суть проблемы, подсказывать наиболее выгодное решение. Он был хорошо осведомлён даже в весьма далёких от его радиотехнической специальности отраслях знаний.
Летом 1954 года институту поручили создание морских гидрометеорологических систем. Для этой цели была организована новая лаборатория, руководство которой поручили Кренкелю. Через два года на её базе создали отдел, добившийся серьёзных успехов. Конструкторы разработали систему непрерывного измерения температуры воды на различных горизонтах и элементов морского волнения – гидрометеорологический измерительный комплекс на плавучем буе. Эрнст Теодорович был не только блестящим организатором, но и непосредственным участником создания этой сложной аппаратуры. Над автоматическими системами он работал многие годы и, став в 1969 году директором института, курировал это направление. Когда конструктор Г.Н. Соловьёв завершил разработку новой АРМС, Кренкель вместе с ним вылетел на Камчатку, где устанавливались первые образцы. На вертолёте они облетели весь полуостров, выбирая подходящие места.
Известны случаи, когда дело тормозилось из-за отсутствия какой-либо дефицитной детали. И если никто из сотрудников не мог сдвинуть дело с места, Эрнст Теодорович брался за него сам, ехал куда нужно, тратил иногда недели, но с пустыми руками не возвращался. Для него не существовало мелочей, так называемой «чёрной» работы. Бережно относясь к чужим мыслям и идеям, терпеливо и с интересом выслушивал доводы участников научных дискуссий. Если убеждался, что предложение перспективно, делал всё для его реализации, но требовал чёткости в работе. Отдавая приоритет службе, Эрнст Теодорович много душевных сил и внимания уделял семье. Слово писателю В.Г. Лидину: