Католицизм был не единственной религией, которую исповедовали парижане. В столице Франции проживало также немалое количество протестантов – и лютеран, и кальвинистов. В общей сложности их было от 15 до 20 тысяч человек, причем кальвинистов значительно больше, чем лютеран; приблизительность данных объясняется тем, что далеко не все парижане, причислявшие себя к верующим протестантам, регулярно посещали церковные собрания. Протестантские пасторы, как уже было сказано выше, имели право на государственное жалованье, но наряду с протестантами «на жалованье» в Париже существовали и священнослужители «культа без жалованья» (culte non salari'e), которые отказывались брать деньги из казны.
Лютеранскую общину Парижа составляли в основном немецкие рабочие, выходцы из восточных департаментов Франции. Кальвинистская община в социальном, имущественном и интеллектуальном плане стояла гораздо выше, чем лютеранская. Среди кальвинистов можно было встретить и пэров Франции (Жокур или Буасси д’Англа), и крупных банкиров (таких, как Оттингер и Делессер), и влиятельных политиков (Бенжамен Констан или Гизо).
Лютеране подчинялись парижской консистории, которая зависела от верховной инспекции, располагавшейся в Страсбурге. Напротив, кальвинистская консистория Парижа была совершенно автономна; более того, она была самой влиятельной во всей Франции.
У лютеран имелся в Париже всего один храм – бывшая часовня кармелитов на улице Архивов, известная как церковь Наплечников (некогда на этом месте располагался католический монастырь, в котором монахи носили на плечах особую накидку). В лютеранском храме служили два пастора и один викарий, получавшие государственное жалованье. У кальвинистов таких пасторов было три, викарий тоже один, храмов же в их распоряжении имелось два: бывшая часовня монахинь ордена визитации на Сент-Антуанской улице и бывшая ораторианская церковь на улице Сент-Оноре. В последней англичане, жившие в Париже, могли по воскресеньям после полудня услышать службу на родном языке. Кроме того, к их услугам была англиканская часовня при английском посольстве и часовня, открытая в августе 1824 года богатым англиканским священником по фамилии Уэй; эта часовня была расположена в бывшем особняке маркизы де Марбёф на улице Предместья Сент-Оноре.
Помимо этих официальных протестантских храмов в Париже действовало еще несколько небольших (по несколько десятков человек) независимых протестантских общин. Они собирались зачастую просто на частных квартирах, где проповедовали пасторы, не признанные властями и не получавшие жалованья. О том, как это происходило, позволяет судить рассказ А.И. Тургенева. В феврале 1838 года он отправился послушать проповедь квакерши Фри, о которой знал, что в Англии она «христианским, героическим терпением обезоруживала самых закоснелых преступников и увлекала их к раскаянию, жила в тюрьме и переносила от преступников не только поругания, но иногда побои и оплевания», но все равно продолжала ободрять преступников, упавших духом от отчаяния. Тургенев пишет о своих впечатлениях: «Она импровизировала проповеди в двух комнатках у своей приятельницы, также квакерши. Мы едва нашли местечко в уголку для двух стульев. Все погружено было в глубокое молчание, нарушаемое изредка вздохами в глубине сердца. Через четверть часа явилась в квакерском строгом костюме m-rs Fry и уселась на канапе, подле здешнего старейшины квакеров. Но молчание продолжалось. Через полчаса она встала и сперва тихим, едва слышным голосом начала свою проповедь без текста, а потом продолжала нараспев, протяжно, заунывно и однообразно и, таким образом, около часа мы слушали какое-то благочестивое рассуждение, без особенного красноречия». Тургенев заключает свой рассказ решительным приговором: «Не дамское дело проповедь».
Протестанты, как и католики, занимались благотворительностью, открывали бесплатные школы. У Протестантского общества взаимопомощи с 1827 года имелись секции в каждом из 12 парижских округов. Кроме того, в Париже действовали Библейское общество, Общество евангелических миссий, Комитет помощи воскресным школам, Общество помощи начальным школам для французских протестантов.