В Тушинском лагере отношение к Ростовскому митрополиту оказалось совсем иным. Самозванец с распростертыми объятиями встретил своего "двоюродного брата" и сделал его "наречённым" патриархом. В таком качестве Филарет управлял церковью на землях, подвластных Тушинскому вору. Он нс собирался помирать от горя, как епископ Псковский Геннадий, влачиться от города к городу привязанным к пушке, наподобие Коломенского епископа Иосифа, или мучиться в Тушине, а тем более пытаться бежать оттуда, чтобы бить зверски убитым, как архиепископ Тверской Феоктист.
Филарет принял в своё "патриаршество" Суздальскую епархию, откуда был изгнан тушинцами и вскоре скончался архиепископ Галактион. Он торжественно служил и благословлял полки, отправлявшиеся разорять русские города и сражаться с воинами царя Василия Шуйского, благословленными патриархом Гермогеном в Успенском соборе. Однако опытный царедворец умел ходить по острию ножа и "не склонялся ни направо, ни налево". Согласившись стать "наречённым" патриархом, он ни в коем случае не оспаривал высшую пастырскую власть патриарха Московского и всея Руси. Его позиция была признана современниками нравственно оправданной. Заблудшие души сторонников самозванца тоже надо было спасать, и кому же делать это, если не знаменитому страдальцу! Сам Гермоген, сурово укорявший в феврале 1609 г. тушинцев, изменивших законному царю, "всей земле" и Богу, поминал Филарета как пример "мучеников господних", "которые взяты в плен… не своею волею, но нуждою", и "ради нынешняго временнаго страдания… удостоятся небеснаго царствия".
Фатально пострадать Филарет не спешил. Он выжидал до конца года, когда хаос в Тушинском лагере стал достаточным, чтобы начать тайные переговоры с осадившим Смоленск Сигизмундом III, королем польским и великим князем литовским. В январе 1610 г. в польском лагере под Смоленском посольство во главе с родственниками жены Филарета Салтыковыми обсудило условия приглашения на московский престол королевича Владислава, сына и наследника короля Сигизмунда. Поставленные Филаретом условия сохранения православной веры были приняты королём и сенаторами. Об этом Сигизмунд известил "патриарха" грамотой в феврале 1610 г. Однако уже 5 марта Тушинский лагерь исчез в огне, обитатели его разбежались по Руси, и хитрый план был на время забыт.
Филарет был захвачен поляками в плен, Несмотря на строгую охрану, митрополита по дороге к Смоленску освободили ратники царя Василия. Он прибыл в Москву, готовившуюся избавиться от власти Шуйского. Вскоре убийца первого и враг второго самозванца, во имя которого были пролиты реки крови, был свергнут в результате военного переворота. По иронии судьбы бояре, захватившие власть с обещанием выбрать нового царя "всею землею", прельстились именно кандидатурой Владислава, получив от поляков проект договора, который подготовил в Тушине "наречённый патриарх" Филарет…
Между тем патриарх Гермоген настаивал на избрании царя из русских, предлагая (кроме отказавшегося от этой чести князя Мстиславского) кандидатуры князя Василия Голицына или сына Филарета Михаила. Шансы 14-летнего Романова были велики, так что Филарет активно поддержал патриарха. Он даже агитировал с Лобного места против боярского замысла призвать Владислава. "Мне самому подлинно известно, вещал Филарет, — королевское злое умышленье над Московским государством: хочет он им с сыном завладеть, и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить!"
Правительство Семибоярщины превозмогло, и Филарет целовал крест Владиславу, хотя благоразумно не дал этого сделать сыну, отговорившись его "малолетством". Это, по мнению современников, спасло страну позже, в 1618 г" когда Владислав с армией шёл на Москву. Но пока, в 1610 г., самые опасные для Владислава люди — Василии Голицын и Филарет Романов — угодили в посольство по призванию королевича на московский престол. 7 октября 1610 г. послы прибыли под Смоленск. Гермоген верил, что Филарет нс отступит от жестких требований по охранению православия, внесённых в наказ послам по требованию патриарха и подкрепленных его грамотами.
Отец наиболее вероятного русского кандидата на престол (раз уж Голицын оказался во власти поляков) был менее всех склонен к компромиссам на переговорах с поляками. Он стоял насмерть за каждый пункт посольского наказа, выполнение которых лишало поляков надежд на расширение их веры и государства за счет России. Филарет (как, впрочем, и другие послы) наотрез отказался выполнять капитулянтские требования московских бояр, не санкционированные Гермогеном. Он не только не стал "клясться на королевскую волю", но заявил, что именно "патриарх у нас человек начальный, без патриарха теперь о таком великом деле советовать не пригоже!"