Для понимания характера Филарета важно помнить, что соборно посрамленный Иона не претерпел гонений. В 1620 г. он заспорил с самим Филаретом, просвещённо не желая перекрещивать католиков при обращении их в православие. На новом соборе против Ионы патриарх обстоятельно доказывал, что "латиняне-папёжники суть сквернейшие и лютейшие из всех еретиков", перечисляя их "заблуждения" — в большинстве мелочные, не относящиеся к вере или вовсе чуждые католикам. В конце концов Иона зарыдал, покаялся и… был прощен! А настойчивый Филарет вновь созвал собор и утвердил правила перекрещивания "белорусцев" — подданных Речи Посполитой, которые, по его мнению, только "именуются православными". Под подозрением Филарета находились даже христиане русских земель, отошедших по Столбовскому миру 1617 г. к Швеции. Расследованием вопросов о вере и крещении католиков, протестантов и западнорусских православных патриарх со всей строгостью занимался лично.
Филаретом в этих странных сегодня решениях двигали не столько национальная или религиозная нетерпимость, как обычно считают, сколько представление о букве закона. Присоединившихся по его правилам к православию иноземцев, в том числе униатов, патриарх жаловал выше достоинства. Столь же формально Филарет относился к "литовским" (западнорусским) книгам. Они свободно распространялась до 1627 г., когда в "Учительном Евангелии" видного просветителя Кирилла Транквиллиона Старовецкого случайно и отчасти по недоразумению обнаружилась ересь. Царь и патриарх указали сжечь книги Транквиллиона и не покупать "литовских", т. е. белорусских и украинских, книг. Затем последовал указ постепенно заменять их в церквях русскими, но до тех пор разрешалось служить по литовским книгам (1628). При этом в Москве был ласково принят "литовец" Лаврентий Зизаний и в 1627 г. под редакцией Филарета издан его "Катехизис", послуживший предметом изрядных прений.
Обладавший большой библиотекой патриарх много потрудился над книгопечатанием, лично подбирая на Печатный двор редакторов-справщиков и даже участвуя в редактировании текстов. Для исправления книг совместным указом царя и патриарха по стране собирались древние пергаменные рукописи, положившие начало знаменитой Типографской библиотеке. Редактирование велось исключительно по славянским спискам книг, хотя часть справщиков, несомненно, знала греческий язык исходных церковных текстов.
Двойственное отношение к греческому авторитету было характерно для Филарета, утверждавшего в "Сказании" закономерность установления в России патриаршества, поскольку в других странах православие пришло в упадок, и ссылавшегося при этом на греческих архиереев. Подозрительно относясь к греческому благочестию, он оплачивал переводы греческих книг, открыл под конец жизни греческую школу для детей (1632).
Двойственность была и в исправлении книг. Филаретовские издания разнились между собой, допускалось использование старых книг, даже содержавших ереси вроде "обливательного крещения", за которое патриарх сурово упрекал католиков.
Деятельная поддержка патриархом книгоиздания позволила напечатать большими тиражами множество книг, подготовить такие капитальные публикации, как фундаментальный и до сих пор образцовый 12-томник Миней месячных (1619–1630). По воле царя и патриарха книги Печатного двора предоставлялись церквям, монастырям и торговцам по себестоимости, а на окраины отправлялись бесплатно.
Заслужить от Филарета наказание было весьма трудно. Митрополит Иона сумел потерять кафедру и удалился на покой в Спасо-Прилуцкий монастырь лишь после третьего церковного собора о его винах (1621), когда выяснилось, что он без суда и следствия лишил сана и невинно сослал архиепископа Вологодского Нектария. Страдальца же Филарет освободил и при первой возможности вернул ему епархию (1625). Преследуя безнравственность, патриарх навечно упёк в монастырь лишь двух отъявленных развратников.
Содействуя литераторам, Филарет временами пугал их придирчивостью, но отнюдь не был фанатичен и жесток. Не раз изобличенный вольнодумец князь Семён Шаховской продолжал сотрудничать с Филаретом и жаловался в стихах, что патриарх (вполне законно) запрещает ему четвертый брак. С двух попыток добился годичного заточения в монастырь князь Иван Хворостинин, поклонник ненавистной патриарху западной культуры, впавший в ересь и запой, писавший стихи, что "на Москве всё люд глупой, жить не с кем". Но и он был прощён, хотя, по мнению Филарета, позорил свой славный род.
Уверенный в себе, патриарх был незлоблив и доверчив, но важнейшие дела решал обстоятельно. При канонизации преподобных Макария Унженского (1619) и Авраамия Галицкого (1620) доказательством святости служили засвидетельствованные авторитетными комиссиями исцеления от их мощей.