Московское правительство пришло, однако, в недоумение, когда узнало о мятежах в двух важнейших городах севера; под влиянием Алексея Михайловича, не расположенного к очень крутым мерам, решено было прибегнуть к полумерам. Князь Иван Никитич Хованский был отправлен с небольшим войском, а в ответе на челобитье новгородцев слышалась властная, строгая нота. Челобитчики, отправленные Жегловым к царю, привезли бумагу, в которой сочиняли, что посланник Граб сам напал со свитою на горожан, что митрополит жестоко терзает духовных и светских лиц, вымучивая у них деньги, что он совершает на миру великие неистовства и смуты; затем Жеглов просил, чтобы государь не велел отпускать за границу денег и хлеба, так как носится слух, будто шведы намерены, взяв государеву казну, нанять на нее войско и идти войною на Новгород и Псков. В своем ответе самолюбивый, но добродушный Алексей Михайлович сначала строго укоряет новгородцев за мятеж и произведенные насилия над иноземцами и своими, потом указывает на неуместность их вмешательства в действия правительства, заявляя, что он “с Божьею помощью знает, как править своим государством”, но затем снисходит до объяснений, зачем нужно было отпускать хлеб, доказывает, что невозможно запретить, как они просили, продажу хлеба за границу, потому что тогда и шведы не повезут к русским своих товаров, следовательно, государству произойдет оскудение. Наконец, желая сделать приятное новгородцам, царь объявляет, что, согласно их жалобам на воеводу князя Хилкова, он сменяет его, а вместо него назначает князя Юрия Петровича Буйносова-Ростовского. Такой ответ не удовлетворил мятежников, хорошо видевших слабость князя Хованского; они не пустили его даже в город, так что князь, не желая вызывать раздражения, остановился в десяти верстах от Новгорода, у Хутынского Спасо-Варлаамиевского монастыря. Здесь он получил наказ от царя: не пропускать никого в город и уговаривать мятежный народ покориться царской воле.
Такому распоряжению новгородцы были обязаны отчасти митрополиту, которого они обвиняли в лихоимстве и самодурстве. Когда он стал поправляться от побоев, пришло письмо от Алексея Михайловича, в котором последний одобрял поведение своего “собинного друга”, хвалил его за крепкое стояние и страдание во имя государственной идеи и выказывал свое благоговение к его подвигу. Между тем, оскорбление, нанесенное лично ему, поулеглось в душе Никона, и, практичный умный человек, он хладнокровно обдумал весь ход событий; он понял, что новгородцы были в большинстве своих требований правы, и поэтому, посылая ответ царю-другу, высказался прямо и откровенно, что с мятежниками следует поступить кротко и выразить прямо царское прощение. Прошло несколько дней после прибытия князя Хованского, а уже в самом Новгороде возник разлад: число сторонников Жеглова, стоявшего за крайние меры, видимо уменьшалось, а партия зажиточных людей, стоявших за центральное правительство, все росла и крепла. Среди отчаянных крикунов, горланов-зачинщиков появились такие, которые выжидали только удобной минуты, чтобы бросить начатое дело и подумать о спасении собственной головы. Наконец, какой-то Негодяев, сотоварищ Жеглова по управлению, бежал ночью к князю Хованскому и от него отправился в Москву, где получил прощение, и на свободе занялся доносами на новгородского митрополита, которым никто даже не поверил. Пример Негодяева произвел впечатление на народ, и уже в конце апреля царский воевода вошел в усмирившийся город. Первым делом он велел казнить посадского Волка, зачинщика нападения на датское посольство, что и было выполнено немедленно; затем все народное правительство с 218 посадскими коноводами было арестовано до приказаний из Москвы. Сначала московские власти решили казнить зачинщиков восстания, с Жегловым во главе, но потом отменили этот приговор, желая мягкостью повлиять на псковичей; а во Пскове благодаря земскому старосте Гавриле Демидову волнения прекратились только в августе.