В заключение этого своеобразного разговора Никон просил передать Алексею Михайловичу его желание иметь свою келью как постоянное жительство; неподготовленные посланцы торопливо заявили, что на патриаршем дворе келий много и он может поселиться в любой. Тогда Никон снял с себя мантию, вышел из собора и, опираясь на поповскую палку, отправился на подворье своего Воскресенского монастыря. Здесь он пробыл двое суток, ожидая, конечно, оформленного решения царя или вызова для личных объяснений; но придворные употребили все усилия, чтобы “упрямый старик” не мог видеться и повлиять на царя, сконфуженного решительным шагом своего противника. Не дождавшись ничего, Никон уехал в любимый Воскресенский монастырь в двух плетеных “киевских” повозках, отправив предварительно письмо бывшему “собинному другу”: “По отшествии боярина вашего Алексея Никитича с товарищами ждал я от Вас, Великого Государя, милостивого указа по моему прошению; не дождался и многих ради болезней велел отвезти себя в Воскресенский монастырь”. Вслед за Никоном в монастырь явился тот же князь Трубецкой, который выразил следующее требование: “Подай Великому Государю, Государыне-царице и их детям свое благословение, благослови того, кому Бог изволит быть на твоем месте патриархом, а пока патриарха нет, благослови ведать церковью крутицкому митрополиту”. Прямодушный старик, решившийся отказаться от патриаршего престола после зрелого размышления и бывший выше корыстной придворной челяди, спокойно дал на все свое согласие и при этом бил челом о скорейшем избрании ему преемника, чтобы церковь не вдовствовала, не была беспастырною, а в заключение подтвердил, что он сам не желает быть патриархом: “Ради спасения душевного ищу безмолвия, отрекаюсь от патриаршества и прошу себе только в управление монастыри Воскресенский, Иверский и Крестный; благословляю митрополиту Крутицкому Питириму управлять церковными делами”. В этих заботах о церкви выказывается серьезное отношение к делу: отстраняясь от руководительства церковью по разногласию в принципах, Никон не желал, однако, чтобы эта церковь оставалась без главы в ту минуту, когда двуперстники угрожали ей серьезными враждебными волнениями.
Ревностно охраняя свои самодержавные права, Алексей Михайлович был, конечно, доволен тем, что так легко развязался с умным и энергичным противником; опасаясь вступать лично в пререкания с ним в решительную минуту, царь прикрылся гордостью и послал верных слуг переговариваться со строптивым слугою, бывшим недавно его лучшим другом и заместителем по управлению государством. Но не в характере царя было обращаться грубо с кем бы то ни было. Раз враг уступил, Алексей Михайлович не считал себя вправе притеснять его и выказывать вражду; поэтому, не обращая внимания на сплетни и интриги окружающих его, по возвращении князя Трубецкого царь послал Афанасия Матюшкина, своего стольника, передать Никону свое прощение. Спустя некоторое время в Воскресенский монастырь прибыл князь Юрий Алексеевич Долгоруков с поклоном от царя, причем рассказал Никону, что все бояре злобствуют на него, а расположены к нему только сам царь да он, князь Юрий. Все это Никон знал и раньше, но эти сообщения обнаруживали все ничтожество придворных интриганов, воображавших, что это они свалили грозного врага. Что касается самого Никона, неугомонный старик, утратив обширное поприще деятельности, не мог сидеть сложа руки, а потому отдался весь физическому труду, принявшись достраивать монастырь. Он деятельно возводил каменные постройки в своем Новом Иерусалиме, копал возле монастыря пруды, разводил рыбу, строил мельницы, устраивал сады, расчищал леса и везде показывал пример братии и наемным рабочим, трудясь наравне с ними. В это же время Никон составлял известную “Русскую Никонову летопись”. Алексей Михайлович не раз жаловал ему щедрую милостыню на украшение обители и на прокормление нищих; кроме того, в знак особого внимания в большие праздники и в свои семейные торжества посылал Никону лакомства, а сам принимал монастырский хлеб и овощи. Наступила весна 1659 года, а царь все еще не давал своего согласия на избрание нового патриарха, рассчитывая добродушно, что такая цельная натура, как Никон, может пойти на уступки и согласится вернуться на патриарший престол, отказавшись от прав Великого Государя.