За период марта-апреля 1933 в боях с советскими частями басмачи Д.Мурта и Ахмед-бека потеряли 50 чел. Авиаразведкой РККА в 50 км северо-восточнее Серного завода обнаружена банда казахских басмачей.
В мае 1933 года состоялся встречный кавалерийский бой отряда 11-го кавалерийского полка с басмаческой бандой Д.Мурта, укрепившейся на колодце Докуз-Аджи в песках Туркестана. Спустя месяц там же в Туркестане войсками САВО и пограничниками полностью ликвидирована многочисленная басмаческая банда Ораз-Бала
Помимо боевых действий против профессионально подготовленных отрядов басмачей, красноармейцы САВО постоянно привлекались и для крестьянских мятежей. И если заниматься организацией перехватов и преследований хитрых и стремительных басмачей Павел Ефимович не любил и обычно перепоручал эти дела своим заместителям, то к крестьянским восстаниям у него было отношение самое трепетное. Тут уж он по праву считался одним из лучших специалистов. А крестьянских мятежей хватало с избытком!
Уже вскоре после назначения Дыбенко на должность командующего САВО, в сентябре — октябрь 1929 года произошло восстание дехкан в Каракалпаки, вошедшее в историю как Тахта-Купырское восстание 1929 года. Его Павел Ефимович подавил с показательной жестокостью. Однако это мало помогло. В том же сентябре вспыхнул мятеж в Ходжикенте, а месяц спустя началось масштабное Батпаккаринское восстание. Не принес умиротворения в сельских районах и следующий 1930 год. Уже в феврале вспыхнуло восстание крестьян в селении Созак Сырдарьинского округа. Поводом для него стало сооружение в районе нескольких концентрационных лагерей для раскулаченных и их родственников.
Одновременно поднялся и Восточный Казахстан. Здесь взялись за вилы и топоры уже русские крестьяне сел Кондратьевка, Васильевка, Зубовка Усть-Каменогорского района, Крестовка и Березовка Зыряновского района. Повстанцы выдвинули лозунг "Долой Советскую власть, да здравствует свободный труд!". За несколько дней к восставшим присоединились все соседние села. Восточно-казахстанское восстание было подавлено так же с особой жестокостью. Одновременно с Восточным Казахстаном поднялся и Сарысуйский район уже на юге Казахстана.
Весна 1930 года ознаменовалась для Дыбенко борьбой с сарбазскими повстанцами. В апреле казахские повстанцы взяли южнее Орска поселок Жайылма. Повсюду восставшие сарбазы громили сельсоветы, уничтожали документацию, срывали хлебозаготовкам, распускали колхозы. 14 апреля произошло крупное сражение с казахскими повстанцами у селения Иргиз. Части 8-й кавалерийской дивизии в конном бою рассеяли казахских повстанцев, которые оторвавшись от преследования, вскоре вновь объединились. В конце месяца части 8-й кавалерийской дивизии окончательно разгромили казахский отряд хана Айжаркына и М. Саматова. Весной 1930 года выступления против коллективизации имело место в Каратальском районе (к северу от Алма-Аты). Здесь после подавления восстания частями ОГПУ и САВО, казахи начали массовую откочевку в Китай. По данным ОГПУ в Казахстане на тот момент действовало 82 повстанческих отрядов численностью более двух тысяч человек.
Весной 1931 года произошло печально известное Мангышлакское восстание. Казахи, спасаясь от коллективизации и мясозаготовок, начали массовую откочевку в Туркмению, Каракалпакию и даже на Кавказ.
Попытки остановить откочевку казахов вызвали вооруженное восстание, охватившее весь Мангышлакский район, несколько аулов соседних районов. Повстанцы пытались взять Форт-Александровск, разгромили ряд сельсоветов. Для подавления восстания активно привлекались части САВО, в частности 13-й стрелковый полк, ряд моторизованных и механизированных частей. В сентябре Мангышлакское восстание было подавлено. Основные силы казахов были разбиты и разоружены. Часть повстанцев вместе с семьями ушли в Туркмению, Афганистан и Иран.
Всего в 1931–1932 годах из Казахстана откочевало более миллиона трехсот тысяч человек, т. е. половина населения. Конечно во всем этом главная вина не Дыбенко, а местных партийных и государственных властей. Но определенная доля вины все же лежит и на командующем САВО, ведь именно по его приказу и его красноармейцами подавлялись крестьянские восстания по всей средней Азии. Надо отметить, что Дыбенко не только не стеснялся своей карательной деятельности в Средней Азии, а, наоборот, гордился ей. Себя же он вполне серьезно величал не иначе, как "Хозяин Азии" и очень любил, когда именно так к нему обращались окружающие. Это уже, скажу я вам, даже не блажь — это мания величия при полном отсутствии чувства реальности.
Учитывая непомерные политические амбиции П.Е. Дыбенко, нам небезынтересно будет узнать, с кем из политического руководства Средней Азии Павел Ефимович контактировал наиболее близко. Ответ на этот вопрос дает сам Дыбенко. На допросе в 1938 году он рассказывает: "Наиболее близким мне человеком в Средней Азии был Файзулла Ходжаев. Когда мы с ним подружились, то у нас сложились исключительно доверительные отношения, и я понял, что Файзулла мыслит точно так же как и я…"