В архивах СНБ Республики Узбекистан сохранились свидетельства того, что в кругу близких соратников Файзуллы постоянно обсуждались идеи об отделении Узбекистана. Поэтому Москва приняла ответные меры. Уже в 1929–1930 были репрессированы члены «Комитета национального освобождения (бывшие джидаисты), открыто провозгласивших курс на отделение Средней Азии от СССР, а столица Узбекистана переносится из Самарканда в Ташкент, а Таджикская автономная республика вместе с Ходжентом выделяется в отдельную республику. Это, безусловно, ослабило бухарскую политическую элиту Ф.Ходжаева. В противовес группе Хлджаева на политическую арену Узбекистана были выведены представители Ташкента — А. Икрамов и У. Юсупов. Тогда Ф. Ходжаев вышел сухим из воды, а вот 1938 год уже не пережил. Как реальный политик, Ходжаев понимал, что независимость Узбекистана возможна только при политической реорганизации СССР. В этой связи, вполне логичны контакты Ходжаева с представителями центра, оппозиционными Сталину, а также признание Ф.Ходжаева, что он, еще со времен создания Бухарской республики, пытался создать буржуазно-демократическую республику, «как буферное государство между Англией и Советской Россией». Кстати, именно такой стратегии придерживались в то время, близкие по духу бухарским джидаистам, младоафганцы, добившиеся в итоге создания независимого Афганистан. Ну, и последний штрих к личности Ф. Ходжаева — сегодня в Узбекистане его чтут именно за то, что он был убежденным и последовательным националистом, пытавшимся создать "Великий Туркестан", но никак не за его мнимую революционность.
Что же рассказал в 1938 году П.Е. Дыбенко о его взаимоотношениях с "наиболее близким ему человеком в Средней Азии Файзуллой Ходжаевым": Это был человек (Ф. Ходжаев — В.Ш.) буржуазных стремлений, который для себя лично мечтал примерно о том же, что и я. Когда мы полностью установили взаимоотношения и вели разговоры откровенные, Файзулла Ходжаев в одной из бесед в начале 30-х годов высказал мысль, что он считает целесообразным в условиях Средней Азии, центральная точка борьбы с центральной властью перенести на организацию национальных элементов в Узбекистане, Туркестане, Таджикистане. Файзулла Ходжаев доказывал мне, что центробежные силы подорвут центральную власть и изменить существующий строй. Я договорился с Файзуллой Ходжаевым, что как командующий САВО, буду его поддерживать за отделение Средней Азии от СССР. Я стремился развивать национальные части в САВО, в частности при поддержке Егорова протестовал против вывода из Средней Азии 4-й Туркестанской дивизии. Мы добились преобразования узбекских и туркестанских бригад в дивизии, киргизского кавалерийского дивизиона в полк, ликвидировали, как самостоятельный, казахский военкомат, подчинявшийся до этого Реввоенсовету СССР и Казахский кавалерийский полк переформировали из территориального в кадровый. После маневров 1930 года я составил проект реорганизаций частей САВО, при помощи Файзуллы Ходжаева и Зеленского поддержали Средазбюро. Кадры национальный частей, политработники, командиры комплектовались при помощи Файзуллы Ходжаева, становились его люди". Характеристика, данная Дыбенко его лучшему другу Хаджиеву, полностью соответствует тому, что пишут о Файзулле современные узбекские историки, а это значит, что Дыбенко говорил правду.
В показаниях Дыбенко фигурирует и еще один тогдашний партийный деятель в Средней Азии — Исаак Абрамович Зеленский. Если Ходжаев был в определенной мере самостоятельной политической фигурой, то Зеленский являлся типичным партийным карьеристом. Впервые о нем узнали после февраля 1917 года, когда И. Зеленский стал председателем Басманного Совета рабочих депутатов в Москве. В годы гражданской войны Зеленский работает в продовольственных органах — член коллегии Наркомпрода. На X съезде РКП (б) он уже кандидат в члены Е(К, в ноябре 1921 года — секретарь МК РКП (б), а еще год спустя член Е(К компартии. Звездным в партийной карьере И. Зеленского стал 1924 год. В январе И. Зеленский — член комиссии для организации похорон В.И. Ленина. В том же году он избирается секретарем ЦК РКП (б) и членом Оргбюро. Однако удержаться на партийном Олимпе, где кипела борьба за власть между преемниками В.И. Ленина, ему не удалось. В ноябре 1924 года И.А. Зеленского отправляют в негласную ссылку в Среднюю Азию. Там, в должности секретаря Среднеазиатского бюро ЦК ВКП (б), он занимается национально-территориальным размежеванием (последствия которого мы ощущаем до сегодняшнего дня), земельно-водной реформой… Дыбенко не был так близок сЗеленским, как к Ходжаевым, но у них было общее московское прошлое и оба были представителями центра.