Однако и Дыбенко и Ходжаев просчитались. Сказалась отдаленность от центра и неполная информированность о тех закулисных процессах, что происходили в тот момент в высших эшелонах московской власти. Вследствие этого они переоценили влияние "правых" и недооценили силы сталинской группировки. Здесь необходимо дать пояснение. XVI-й съезд ВКП (б) проходил в июне-июле 1930 года. Главной темой съезда была борьба с «правой оппозицией» (Бухарин, Томский, Рыков, бывшие «зиновьевцы» Угланов и Рютин). Именно на XVI-м съезде "правые" были окончательно разгромлены. Для Дыбенко и Ходжаева это означало крах их планов по отделению Средней Азии и созданию самостоятельного "Великого Туркестана". Теперь надо было срочно перебираться в лагерь сторонников Сталина.
Далее П.Е. Дыбенко продолжает: "Я был делегатом XVI съезда. Надеялся на открытое выступление правых, но не решились…" Еще бы, решись Дыбенко поддержать Бухарина, Томского и Рыкова и с ним было бы покончено раз и навсегда! Можно только представить, что творилось на душе Павла Ефимовича! На его глазах происходил разгром политических сил, на которые он не только рассчитывал, но, в интересах которых, он на протяжении долгого времени трудился, что говорится, не покладая рук, а он был абсолютно бессилен что-либо предпринять. Впрочем, судьба лидеров "правой" оппозиции была уже предрешена и теперь следовало думать о своей собственной. Не менее П.Е. Дыбенко были испуганы и Ф. Ходжаев с И.А. Зеленским.
К сожалению и в Средней Азии П.Е. Дыбенко остался верен себе — заниматься только тем, что выгодно лично ему. В своих показаниях в 1938 году он рассказал: "Я должен сказать, что у меня было очень сложное положение, т. к. в связи с перегибами и политикой, которую вели Ходжаев и Зеленский, в Средней Азии басмаческое движение приняло широкие размеры и я, по директиве из Москвы, вынужден был силой подавить эти выступления. Я советовался по этому поводу с Ф. Ходжаевым и Зеленским и они заявили мне, что сейчас складывается такой момент, когда мы вынуждены бить «своих», т. к. выступать сейчас основным кадрам нецелесообразно, ибо они все равно будут разгромлены. Из этого мы сделали вывод, что для укрепления собственного положения нам необходимо выполнять директивы центра и громить басмачей".
При этом Дыбенко в наиболее напряженный момент противостояния с басмачами "выкинул фортель", который и сегодня военным историкам трудно объяснить. Дело в том, что в разгар тяжелейших боев, он неожиданно для всех объявил об одностороннем прекращении боевых действий и отдал под контроль басмачам… половину Туркмении. И это тогда, когда Москва потребовала начать подготовку к проведению окончательной полномасштабной операции по уничтожению организованных басмаческих отрядов…
Вначале ничего не предвещало катастрофы. Специально созданный полевой штаб САВО, который возглавил координацию ударов по стратегическим пунктам логистики и снабжения басмаческих формирований, быстро добился первых успехов. Но Дыбенко, отрапортовав о победоносном завершении операции, внезапно распорядился всякую дальнейшую борьбу с басмачами прекратить и даже расформировать Красноводский боевой участок. Последствия этого приказа были катастрофическими. Уже неделю спустя внезапным налетом 400 басмачей был захвачен город Куня-Ургенч, сожжены больница, мельница, почта и ряд других европейских построек, зверски убито большое количество советских работников, в т. ч. научные сотрудники исследовательской экспедиции Средазхлопка. Небольшой советский гарнизон, понеся серьезные потери, укрылся в старой крепости. Начальник гарнизона И. Ламанов, вопреки распоряжению Дыбенко, отдал собственный приказ о поддержании вверенных ему войск в полной боевой готовности в связи с угрозой вторжения басмачей, скрывающихся в песках пустыни Кара-Кум, в культурную полосу (вдоль железной дороги Красноводск — Ашхабад — Мерв).
Подошедший по настойчивой просьбе И. Ламанова эскадрон 84-го кавалерийского полка выбил басмачей из Куня-Ургенча и отразил повторную попытку налета басмачей, но на большее сил у кавалеристов не было. К этому времени, исполняя приказ Дыбенко, остальные части округа уже ушли в места своей постоянной дислокации. Еще вчера самая благоприятная для советской власти обстановка в Теркменистане мгновенно изменилась в обратную сторону. На июль 1931 года только на территории Туркмении в песках оперировали уже 14 крупных басмаческих бандитских объединений, не считая мелких банд, — 46 курбашей и несколько тысяч рядовых басмачей, вооруженных винтовками, пулеметами и даже минометами. Резко оживилось басмаческое движение и в остальных районах Средней Азии.