28 июля нарком НКВД Ежов представил на утверждение Сталина список лиц, подлежащих расстрелу, в котором было 139 фамилий. Сталин вычеркнул из списка фамилию только Егорова и наложил резолюцию: "За расстрел всех 138 человек".
В числе 138 приговоренных к расстрелу, помимо П.Е. Дыбенко, значились: командарм 1-го ранга И.П. Белов, командармы 2-го ранга И.Н. Дубовой, М.К. Левандовский (давшие показания на Дыбенко), А.И. Седякин, И.А. Халепский, М.Д. Великанов, комкоры И.К. Грязнов, С.Е. Грибов, Е.И. Ковтюх, В.К. Лавров, И.Ф. Ткачев, В.В. Хрипин, коринженер Н.М. Синявский, армейский комиссар 2-го ранга Я.К. Берзин, корпусной комиссар И.М. Гринберг, комдивы П.П. Ткалун (комендант Московского Кремля). В.С. Погребной и другие.
29 июля 1938 года П.Е. Дыбенко был расстрелян вместе с командующим военно-морскими силами СССР В. Орловым и пятью командармами. В ряде источников местом расстрела значится подмосковный полигон Коммунарка. Революции неотвратимо пожирают своих детей… В тот день российская революция насытилась еще одним из своих птенцов.
"СПРАВКА Секретно. Приговор о расстреле Дыбенко Павла Ефимовича приведен в исполнение в гор. Москве 29.07. 1938 г. Акт о приведении приговора в исполнение хранится в особом архиве 1-го спецотдела НКВД СССР том № 3, лист № 228. Начальник 12-го отделения 1-го спецотдела НКВД СССР лейтенант госбезопасности Шевелев".
В деле о реабилитации П.Е. Дыбенко имеется следующее письмо: "Указание начальнику управления милиции МВД Татарской АССР, начальнику 1-го спецотдела МВД СССР, Главному Военному прокурору. Прошу дать указание соответствующему отделу ЗАГС о выдаче гражданке Дыбенко З.В. свидетельства о смерти ее мужа Дыбенко П.Е. Сообщаю, что Дыбенко Павел Ефимович, 1890 г.р., был осужден Военной Коллегией Верховного Совета СССР и, отбывая наказание, умер 29 июля 1938 года. Зам председателя Военной Коллегии Верховного Совета СССР полковник юстиции Борисоглебский. 4.12.1956 г."
Мы уже приводили цитату П.Е. Дыбенко из его многочисленных мемуаров об Октябрьской революции: "Пришло время показать, как надо умирать за революцию! Лучше умереть за свободу и чувство собственного достоинства, чем жить без того и другого". 29 июля 1938 года время умирать за революцию для Дыбенко пришло.
Что касается подельника П.Е. Дыбенко Маршала Советского Союза А.И. Егорова, то он почти сразу после ареста начал давать признательные показания. Рассказал о своих старых связях с эсерами, заявил, что убежденным коммунистом никогда не был, и на этой основе сплачивал вокруг себя всех недовольных порядками в стране, партии и РККА, возглавив организаций правых в армии. По его словам, в противовес этой организации в Красной Армии существовала группа Тухачевского, которого Егоров считал основным своим противником в борьбе за пост наркома обороны. Показал он также о своих связях с лидерами правых Рыковым и Бубновым, самих правых — с Ягодой, а того — с немцами, о подготовке переворота в Кремле и аресте Советского правительства и т. п. В целом ряде его показаний чаще всего упоминаются, как заговорщики: С.М. Буденный, П.Е. Дыбенко, С.Е. Грибов, Н.Д. Каширин и М.К. Левандовский…
Читая ответы Егорова на вопросы следователей Ямницкого и Казакевича, зафиксированные в протоколе допроса от 28 марта — 5 апреля 1938 года, находим признание: «Я, Егоров, вместе с Дыбенко и Буденным возглавлял руководство антисоветской организации правых в Красной Армии, имевшей своих участников в военных округах. Эта наша антисоветская организация была на особо законспирированном положении…»
Уже в 1937 году конкуренты Егорова командармы Уборевич, Белов, Фельдман, дали достаточно показаний для его привлечения в качестве подозреваемого. Но Сталин отказался давать делу ход. В отношении Егорова он, как и в отношении Дыбенко, он медлил до последнего, надеясь, что появятся хоть какие-то оправдательные показания в их адрес. Тем временем, оставшись на свободе, А.И. Егоров вместо того, чтобы унять прыть, стал, наоборот, ускоренно сколачивать новую группировку. После полного разгрома наиболее организованной и влиятельной группы Тухачевского у него появилась реальная возможность занять опустевшее место. При этом Егоров не понимал, что расправа над Тухачевским и его единомышленниками — это вовсе не единичная акция, а лишь начало великой чистки РККА. Понимая, что Буденный с Дыбенко не слишком надежны, да и реального толку от них немного, он начинает лихорадочно искать новых союзников. Самым крупным «приобретением» маршала Егорова оказался другой маршал — В.К. Блюхер.
Несмотря на все доказательства и признательные показания, Сталин раз за разом упрямо вычеркивал фамилию Егорова из расстрельных списков. Наконец, перед ним положили письмо Егорова, в котором он выразил готовность лично расстрелять свою жену. Это шокировало Сталина, ибо расстрелять жену Егоров просил лишь ради того, чтобы ему «дали какую-либо должность» — о чем он и просил в письме Сталина. 23 февраля 1939 года в день Красной армии А.И. Егорова, наконец, расстреляли.