Сначала условия заключения императорской семьи были довольно сносные. Солдаты охраны держались корректно, а полковник Кобылинский, командовавший охраной и искренне привязанный к пленникам, делал все, что было в его власти, чтобы облегчить их участь. Но после большевистского переворота «солдатский комитет» постепенно стал главенствовать над Кобылинским, и заложники были подвергнуты всем видам притеснений. В феврале 1918 года в результате демобилизации армии бывшие солдаты, составлявшие охрану, были заменены молодыми людьми, наглыми и с гнусными манерами. Положение узников становилось мучительней день ото дня. Попытки освободить их не удавались. Сначала сами Их Величества объявляли неоднократно, что отказываются от побега, который заставит их покинуть Россию. Другой причиной неудач было присутствие некоего Соловьева, зятя Распутина, которого Анна Вырубова послала в Тобольск с поручением создать подпольный центр для подготовки побега императорской семьи. Этот мрачный тип, которому Вырубова полностью доверяла, был не кем иным как агентом большевиков и немцев. Последние, оккупировав часть России, хотели привезти императора в Москву, чтобы получить от него ратификацию Брест-Литовского договора. Надо было помешать кому-нибудь из друзей приблизиться к узникам. Это было поручено Соловьеву. Посредничеством отца Алексея, исповедника государя и государыни, он завязал с ними сношения и убедил императрицу, что он один, руководимый духом Распутина, может обеспечить спасение императора и его семьи. Он уверил ее, что триста преданных офицеров готовы их освободить в подходящий момент по его знаку. Все, кого присылали монархические организации для подготовки побега узников, тут же попадали в сети Соловьева и неизбежно исчезали. Когда Соловьев и его жена были арестованы белой армией во Владивостоке в 1919 году, бывшие при них бумаги доказывали очевидность их вины. Но преступнику удалось удрать и скрыться в Германии.
В апреле 1918 года из Москвы был прислан комиссар Яковлев с отрядом в 150 человек и с неограниченными полномочиями. Спустя три дня после его приезда он объявил императору, что приехал его увезти, не сообщив, с какой целью. Он только заверил, что ему не причинят никакого зла и что если кто-то желает его сопровождать, то он не препятствует. Императрица была поставлена перед жестоким выбором, поскольку цесаревича, тяжело больного уже много дней, нельзя было перевозить. Бедная мать не могла решиться покинуть сына или дать мужу уехать без нее к неизвестной судьбе. Наконец, она решила следовать за императором, оставив сына на попечение его трех сестер, воспитателя Жильяра и доктора Деревенко. Великая княжна Мария, княгиня Долгорукова, доктор Боткин и трое слуг, отправились с государем и государыней. Путешествие, совершавшееся на тарантасах по распутице, было крайне мучительно. Смена лошадей происходила в Покровском под окнами дома Распутина. Потом произошла непредвиденная остановка в Екатеринбурге и заключение в доме Ипатьева, богатого городского купца.
Установлено, что Яковлев должен был везти своих узников в Москву и что остановка в Екатеринбурге была следствием ловушки, устроенной правительством Урала, чтобы захватить императора, несомненно, в согласии с тайными помыслами Москвы.
Никогда не удастся узнать, каковы были истинные намерения Яковлева. Возможно, как считают некоторые, он пытался спасти узников. Известно, что позже он перешел на службу в белую армию, но был схвачен и расстрелян большевиками.
Через три недели после отъезда родителей и сестры, царевич, состояние которого улучшилось, и три великие княжны, оставшиеся с ним в Тобольске, были увезены в Екатеринбург. В постигшей ее беде императорская семья восприняла это как высшее утешение.
В соответствии с его новым назначением дом Ипатьева был спешно окружен двойным дощатым забором, доходившим почти до окон второго этажа. Повсюду, снаружи и внутри, были расставлены часовые и пулеметы. Всякая попытка бегства была решительно невозможна. Со своей стороны, Германия, отказавшись от мысли добиться у императора ратификации Брест-Литовского договора, предоставила императорскую семью ее судьбе.
Узники больше не могли сомневаться в том, что их ждало. Они пережили этот последний этап своего крестного пути в отвратительных условиях. Они не избегли ни одного из унижений, но особенно страдали от постоянной тесноты, поскольку должны были жить со своими стражами, людьми отвратительно грубыми и к тому же всегда пьяными. Даже двери комнаты великих княжон были сняты, и солдаты заходили туда, когда вздумается.