В 1071 году Алп-Арслан совершил поход в Малую Азию. Здесь в битве при Манцикерте 19 августа сельджуки разгромили армию Восточной Римской империи, благодаря измене вельмож. Император Роман IV Диоген попал в плен, а Малая Азия была открыта для вторжения турок. В 1072 году Алп-Арслан направился завоевывать Мавераннахр, но был убит. Об обстоятельствах его гибели есть малодостоверный рассказ. Якобы, когда султан судил группу пленных хорезмийцев, приговоренный к смерти военачальник Юсуф стал его словесно оскорблять. Обиженный Алп-Арслан приказал страже отойти и выстрелил в Юсуфа из лука. Стрела в хорезмийца не попала, а Юсуф бросился на АлпАрслана и заколол его кинжалом. Маловероятно, чтобы отличный стрелок из лука, коим был Алп-Арслан, промахнулся в упор. И вовсе невероятно, чтобы к падишаху приводили врагов с оружием и не связанными. Поэтому эта версия и кажется малоправдоподобной.
36. Великая замятня
На престол взошел сын Алп-Арслана, 18-летний Маликшах I. Против него восстал брат Алп-Арслана, Кара-Арслан Кавурд. В битве у Хамадана Кара-Арслан был разбит, взят в плен и задушен тетивой. Всем его сыновьям по приказу Малик-шаха I выкололи глаза. После укрепления трона сельджуки продолжили завоевания. Были покорены: Сирия, Закавказье, Малая Азия и Средняя Азия.
Пока Малик-шах I занимался завоеваниями, внутреннюю жизнь государства сельджуков контролировал великий вазир Низам ал-Мульк (1017–1092 гг.). Именно в это время при дворе в Исфахане работал ученый и поэт Гиясаддун Абу-л-Фатх ибн Ибрахим Омар Хайям Нишапури (1048–1123 гг.).
Тогда же развернул создание подпольной сети в Иране исмаилитский проповедник Хасан ибн Саббах. В 1090 году исмаилиты заняли крепость Аламут в Дейлеме и положили начало исмаилитскому государству. В следующем году они захватили Кухистан на юге Хорасана. Здесь исмаилиты контролировали крепость Дару и города: Каин, Тун, Туршиз, Заузан, Тебес, Хур и другие. Сельджукский эмир Юрюн-Таш пытался отбить Аламут, но безуспешно. В начале 1092 года Малик-шах I послал войско эмира Арслан-Таша взять Аламут и уничтожить Хасана ибн Саббаха. Летом Арслан-Таш осадил Аламут. Но в октябре 1092 года отряд из 300 исмаилитов Рея и Казвина ночью напал на лагерь осаждавших и нанес им поражение.
В том же месяце, посланный Хасаном ибн Саббахом фидай Тахир Аррани, около Хамадана подошел, переодевшись в суфия, к паланкину Низам ал-Мулька и ударил его ножом. Фидая убили телохранители, а великий вазир умер от раны. Через 20 дней в Багдаде скоропостижно скончался 38-летний Малик-шах I.
После этого начался распад империи сельджуков и рост государства исмаилитов. Отделились Малая Азия и Сирия, а в Хорасане поднял восстание сын Алп-Арслана, Арслан-Аргун. Он овладел Мервом, Серахсом, Балхом и Термезом. Тархан-хатун, вдова Малик-шаха I, провозгласила султаном своего 4-летнего сына Махмуда I. Ее войска направились из Багдада в Исфахан, где пребывал сын Малик-шаха от другой жены 12-летний Берк-Ярук. Последнего сторонники Низам ал-Мулька вывезли в Рей и тоже провозгласили султаном. В битве под Боруджердом в 1093 году войска султанши потерпели поражение, и Берк-Ярук осадил Исфахан. В 1094 году умерла Тархан-хатун, а затем и малолетний султан Махмуд I. Сменивший халифа ал-Муктади (1075–1094 гг.) халиф ал-Музтазхир (1094–1118 гг.) признал Берк-Ярука султаном Сельджукской империи.
В том же году умер фатимидский халиф ал-Мустансир, и престол Египта перешел к его седьмому сыну ал-Мустали. Старший сын Абу Мансур Низар оказался обойден. Это нарушение порядка передачи имамата вызвало раскол среди исмаилитов. Хасан ибн Саббах и большинство исмаилитов Ирана отказались признать ал-Мустали своим имамом. Таковым для них был Низар, а после его гибели в 1095 году – его прямые потомки.
Тем временем дядя Берк-Ярука, Тутуш, в 1093–1094 годах захватил западные области империи и объявил себя султаном. Он двинулся на Исфахан, но в феврале 1095 года был разбит в сражении у Рея и погиб. В этом же году Берк-Ярук послал против Арслан-Аргуна своего дядю Бери Барса с войском, но тот был разгромлен.
В ноябре 1096 года низариты заняли крепость Ламасар в долине Рудбар. В том же году поход сельджукского войска в Хорасан возглавил сводный брат султана Санджар ибн Малик-шах. Но до сражения дело не дошло, ибо в начале 1097 года Арслан-Аргун был убит в Мерве собственным гулямом. После его гибели Санджар овладел всем Хорасаном.