В 1099 году против Берк-Ярука поднял восстание его сводный брат Мухаммад, правивший Азербайджаном и Арраном. Берк-Ярук бежал в Хузестан, а батиниты заняли крепость Гирдкух близ Дамгана. В 1100 году у селения Нушджан армия БеркЯрука была разбита войсками Санджара. Северный Иран и запад Средней Азии перешли под власть Санджара, а Мухаммада багдадский халиф провозгласил султаном. Но Берк-Ярук не сдавался. В 1101 году около Хамадана состоялось сражение армий Мухаммада и Берк-Ярука. Последний опять потерпел поражение и бежал. Однако ему удалось собрать новую армию и в сражениях 1102 и 1103 годов одержать победы над Мухаммадом. В 1104 году братья заключили мирное соглашение. По нему Берк-Ярук сохранил большую часть Западного и Центрального Ирана и Ирак. По соглашению султаном был объявлен Берк-Ярук, а его наследником Мухаммад.
В 1105 году Берк-Ярук умер молодым. Его малолетний сын Малик-шах II был быстро лишен престола и сельджукским султаном стал Мухаммад I, присоединивший к своим владениям Ирак, Иран и Хузестан.
А в это время росло и ширилось государство низаритов в Иране. Оно не имело сплошной территории, но насчитывало десятки анклавов вокруг крепостей в Фарсе, Хорасане, Мазендеране и других областях. Хасан ибн Саббах и его фидаи терроризировали феодальную знать. Те, кого Хасан ибн Саббах приговаривал к смерти, были обречены, и ничто – ни любые деньги, ни высокие должности, ни стража уже не могло их спасти. В 1097 году батинитами был убит вазир Берк-Ярука Абу-л-Фатх, а в 1105 году от их кинжалов погиб сын Низам ал – Мулька Ахмад.
В 1101–1107 годах исмаилиты попытались захватить столицу империи Исфахан. Сначала низариты овладели крепостями в окрестностях города: Хан-Ланджан и Шахдиз. Руководитель исмалитов в Исфахане Ахмад ибн Абд ал-Малик ибн Атташ готовил восстание, сигналом к которому должно было стать убийство Мухаммада I. Но заговор был раскрыт, и покушение не состоялось. Войска сельджукского султана около двух лет осаждали крепость Шахдиз, но не могли ее взять. Тогда по договору большая часть низаритов ушла в другие крепости, а группа оставшихся была захвачена. С попавшего в плен Ахмада ибн Абд ал-Малика ибн Атташа живьем содрали кожу и набили ее соломой. А отрезанные головы Ахмада и его сына отвезли в Багдад, видимо, к халифу.
Отведя угрозу от своей столицы, Мухаммад I послал войска на осаду Аламута. Осада из года в год шла с весны до осени. На зиму сельджуки покидали Дейлем, уничтожив посевы и опустошив окрестности. За 10 лет осады батиниты уже изнемогали от голода, когда весной 1118 года пришла весть о смерти султана Мухаммада I. Осаждающие сразу ушли.
На престол взошел 14-летний сын Мухаммада I, Махмуд II. Он потребовал у Санджара вывести войска из Мазендерана и выплачивать ежегодно подать в 200 тысяч динаров. Санджар отверг эти требования и заявил послам: «Сын моего брата – ребенок, и им руководит его вазир!». В августе 1118 года возле города Саве произошло сражение между войсками дяди и племянника. У Санджара было 20 тысяч воинов и 40 слонов, а у Махмуда II только 10 тысяч всадников. Санджар одержал победу. В ноябре 1119 года был заключен мир на условиях Санджара. Он был провозглашен верховным сельджукским повелителем («величайший султан, великий шахиншах»). Санджар получил: Мазендеран, Табаристан, Демавенд, Кумис, Дамган и Рей. Махмуд II объявлялся султаном и наследником Санджара. Получили земли и братья Махмуда ибн Мухаммада: Тогрыл – Джибал, Казвин, Зенджан, Арран, Гилян и Дейлем; Сельджук-шах – Фарс, Исфахан и Хузестан; Масуд – Азербайджан и Мосул. Трое младших должны были подчиняться Махмуду II. По этому договору империя Сельджуков разделилась на Хорасанский султанат со столицей в Мерве и Иракский султанат со столицей в Хамадане.
Санджар первоначально был враждебен к батинитам. Его армия вторглась в Кухистан и истребила около 10 тысяч исмаилитов. Но вскоре затем между Санджаром и Хасаном ибн Саббахом был заключен мир с тремя условиями: низариты не будут строить новых крепостей, не будут закупать оружие, и не будут агитировать людей принимать их веру. Преемники Хасана эти условия игнорировали, но мир с сельджуками сохранялся.
23 мая 1124 года Хасан ибн Саббах умер. Но перед смертью он сделал небывалое доселе в истории Ирана – передал власть коллегии из четырех человек. Может потому, что он казнил двух своих сыновей (за потребление вина и участие в заговоре), а может, его и не устраивал монархический принцип. Коллегия должна была править, пока не придет «скрытый имам», но через несколько лет в живых из нее остался только Кийа Бузург Умид. Он и стал основателем династии шейхов Аламута.