В 1146 году против Масуда восстали эмир Фарса Боз-Апа и эмир Рея Аббас. К ним примкнули племянники султана, Мухаммад и Малик-шах и его младший брат Сулайман-шах. Масуд бежал в Багдад, а бунтовщики заняли Хамадан. Эмир-хаджиб султана Тоган-йурек заключил с ними союз. В апреле 1147 года Масуд организовал убийство Тоган-йурека, а потом казнь Аббаса. В ответ Боз-Апа занял Исфахан и провозгласил султаном Мухаммада. В июле 1147 года близ Хамадана произошло большое сражение. Армия Боз-Апы потерпела поражение, и он сам погиб. Масуд ненадолго восстановил власть.
Тем временем Санджар опять ходил походом на Хорезм, прекративший выплату дани. После двухмесячной осады был взят Хазарасп и осажден Гургандж. Хорезмшах Атсыз снова запросил мира и возобновил выплату дани.
В 1148 году начался новый мятеж эмиров против Масуда. Они взяли Багдад, перерезали множество жителей и учинили погром. Масуд и ал-Муктафи II бежали из города. Только посредничество Санджара примирило эмиров с Масудом.
Султан Масуд умер в октябре 1152 года. На престол воссел его племянник Малик-шах III. Но в январе 1153 года его сверг вазир Хасс-бек, передавший трон другому сыну Махмуда II, Мухаммаду II. В мае 1153 года он казнил Хасс-бека и его сообщников.
В это же время против Санджара восстали племена огузов в Балхской провинции. Попытка эмира Балха Кумача провести карательную акцию закончилась его разгромом и убийством вместе с сыном. Тогда против повстанцев двинулась армия султана Санджара. Битва произошла в окрестностях Балха. Сельджукская армия попала в ловушку и была полностью разгромлена. Тысячи солдат погибли, а султан Санджар оказался в плену. В том же 1153 году огузы взяли Мерв, истребили многих горожан и вывезли все, что можно, в том числе казну султана. В 1154 году были разгромлены Тус и Нишапур. В следующем году под властью кочевников оказался уже почти весь Хорасан.
В 1156 году против Мухаммада II поднял мятеж его дядя Сулайман-шах, однако был разбит и заточен в Мосульскую крепость. В июле 1156 года скончался хорезмшах Атсыз. Его сменил на престоле сын Иль-Арслан. В том же году Санджару во время охоты удалось бежать. Он прибыл в Мерв и стал созывать вассалов. Но никто не откликнулся, да и казна была пуста. В апреле 1157 года Санджар умер.
В этом же году Мухаммад II потребовал у халифа, чтобы в Багдаде возглашалась хутба с его именем. Халиф отказал, и султан двинул армию на Багдад. А в это время восставший правитель Аррана Ильдегиз, совместно с Малик-шахом и Арслан-шахом захватили столицу. Мухаммад II снял осаду Багдада и направился к Хамадану. Он нанес войскам Ильдегиза поражения у Рея и Нахичевана. Ильдегиз выразил полную покорность и был прощен. Мухаммад II стал готовиться к новому походу на Багдад, но в декабре 1159 года скончался.
Большинство эмиров посадили на престол освобожденного из тюрьмы Сулайман-шаха. Но уже в октябре 1160 года он был свергнут, брошен в Хамаданскую тюрьму и там задушен тетивой в апреле 1161 года. В Багдаде в 1160 году халифа ал-Муктафи II сменил его сын ал-Мустанджид.
А в Хамадане эмиры провозгласили султаном сына Тогрыла II, Арслана. Фактически правил его атабек Ильдегиз. Он именовался «великим атабеком», его сын Джихан-Пахлаван стал эмиром-хаджибом, а второй сын Кызыл-Арслан – верховным главнокомандующим. Правители областей и все вассалы султана должны были приносить присягу в верности великому атабеку. Те, кто отказывался, принуждались силой.
Уже в 1161 году войска Ильдегиза нанесли поражение эмиру Рея Инанджу и правителю Казвина Алп-Аргуну. В 1163 году Ильдегиз совершил поход в Грузию и нанес поражение царю Георгию III. В 1165 году войска хорезмшаха Иль-Арслана заняли Дихистан, а в 1167 году вторглись в Хорасан и сразились под Бистамом с армией Ильдегиза. Сражение не выявило победителя, но хорезмийцы овладели Бейхаком, Себзеваром и Нишапуром. В 1169 году Ильдегиз отразил попытку Иль-Арслана захватить Рей. Эмир Рея Инанджа был в сговоре с хорезмшахом. Но хорезмийцы были разгромлены, Инанджа убит, а Рей перешел к Ильдегизу.
Халиф ал-Мустанджид не поладил со своими вельможами и в 1170 году был задушен ими в бане. Халифат перешел к его сыну ал-Мустади.
Тем временем в государстве батинитов сын шейха Мухаммада Хасан в 1164 году объявил себя имамом из рода Низара. Тогда как его предшественники считали себя даи имама. 9 января 1166 года новоявленный имам был убит в крепости Ламасар братом своей жены Хасаном ибн Намаваром из рода Буидов. На престол взошел 19-летний сын Хасана Ала зикри-хи-с-саляма, Нур ад-дин Мухаммад. Он был уже наследственный имам и казнил не только Хасана ибн Намавара, но и всех Буидов – мужчин, женщин и детей.