А против Заки-хана началось восстание под руководством другого брата Карим-хана, Садик-хана. Тогда Заки-хан низложил Абу-л-Фатха, считая его сторонником Садик-хана. Против Ага-Мухаммада Заки-хан послал в Мазендеран войско под командованием своего племянника Али-Мурада, но вскоре тот сам поднял бунт. Заки-хан отправился на его подавление, но по пути был убит собственными военачальниками. Он погиб из-за своей алчности и жестокости. В деревне Язидхаст Заки-хан потребовал у жителей припрятанные деньги. Но ему не дали, а может их и не было. Тогда Заки-хан приказал сбросить в пропасть 18 жителей деревни и местного сейида, а его жену и дочь отдал воинам. На следующую же ночь Заки-хан и был убит.
Али-Мурад-хан захватил Шираз, низложил Мухаммад-Алихана и восстановил на троне Абу-л-Фатха. Себя же Али-Мурад провозгласил правителем Исфахана. Все в том же 1779 году Садик-хан занял Шираз, захватил Абу-л-Фатха в гареме и ослепил его. Садик-хан объявил себя повелителем в Ширазе.
В 1781 году разразилась война между Али-Мурад-ханом и Садик-ханом. Али-Мурад разгромил Садик-хана в двух сражениях и после восьми месяцев осады взял Шираз. Садик-хан подвергся казни, а Али-Мурад перенес столицу в Исфахан и стал править сам.
Между тем Ага-Мухаммад-хан одержал победу над братьями, и к 1783 году под его властью находились Астрабад и Мазендеран. В 1782 году в Мешхед вернулся Насрулла-мирза и сместил Шах-Руха.
В Центральном Иране шла война между зендами и каджарами, но в 1785 году Али-Мурад-хан умер. Власть в Исфахане захватил сын Садик-хана Джафар-хан. В то же время в Хорасане умер Насрулла, и власть вернулась к Шах-Руху. В этом же году каджары Ага-Мухаммада овладели Тегераном, Кумом, Кашаном и Исфаханом. Джафар-хан бежал в Шираз, но Ага-Мухаммад не стал его преследовать, а вернулся на север и в 1786 году завоевал Гилян. Своей столицей Ага-Мухаммад-хан сделал небольшой город Тегеран.
В 1788 году в результате заговора в Ширазе был убит Джафар-хан и все его приближенные, а шахом стал его сын Лутф-Али. В следующем году войска Ага-Мухаммад-хана осадили Шираз, но не смогли его взять. Тут о своей независимости в Азербайджане объявил Садык-хан Шеккаки. Ага-Мухаммад-хан направился в Азербайджан. В битве около Сераба войско Садык-хана было разбито, а он сам бежал в Карабах.
После этой битвы многие местные ханы покорились Ага-Мухаммаду. Особенно удачно прошло подчинение Али-хана Афшара, сильнейшего конкурента каджаров на севере Ирана. Ага-Мухаммад-хан сначала надавал Али-хану множество обещаний, а потом велел схватить и выколоть глаза. Племя туркменов-иомудов, не признавшее власть каджаров, было уничтожено. Из их отрубленных голов Ага-Мухаммад приказал сложить высокую пирамиду. Такими методами к 1791 году Ага-Мухаммад-хан сумел покорить большую часть Азербайджана.
За сим он снова отправился в Фарс. Лутф-Али-хан был предан калантаром (градоначальником) Шираза, принявшим ислам иудеем Ибрахимом, который сдал город без боя. По совету этого Ибрахима каджары вывезли казну зендов в Тегеран. А могила Карим-хана Зенда была раскопана, и его кости помещены под порогом Гюлистанского дворца в Тегеране. Лутф-Али-хан укрылся в Кермане, но был разбит отрядом племянника Ага-Мухаммада Баба-хана и бежал в Бендер-Риг. Затем при поддержке афганцев Лутф-Али-хан сумел снова овладеть Керманом и нанести поражение каджарским войскам.
Тогда против него выступил сам Ага-Мухаммад-хан с огромным войском. Летом 1794 года, после длительного сопротивления, Керман был взят штурмом. Лутф-Али-хан сумел бежать, а город был на три месяца отдан на разграбление воинам. Большая часть населения была уничтожена: 20 тысяч мужчин были ослеплены, 8 тысяч молодых женщин были отданы солдатам, остальные женщины и дети обращены в рабство. Вскоре Лутф-Али-хан был схвачен в городе Баме. На радостях АгаМухаммад-хан приказал обезглавить 600 пленных, и из их голов сложить пирамиду на месте захвата Лутф-Али. Самого же последнего шаха из династии Зендов Ага-Мухаммад приказал истязать перед своим дворцом в Ширазе. Ему выкололи глаза, отрубили руку и повезли на казнь в Тегеран. Но по пути ЛутфАли-хан умер.
Теперь Ага-Мухаммад-хан решил наказать грузинского царя Ираклия II за заключение Георгиевского трактата с Российской империей. В апреле 1795 года 60-тысячное войско двинулось на Грузию. По пути Ага-Мухаммад-хан осадил Шушу, но не смог ее взять. Зато ему удалось разгромить войско Ираклия II и захватить Тбилиси. Город был разграблен и разрушен, более 15 тысяч жителей были уведены в рабство.
Аналогичному разгрому подверглись и другие города и села Грузии и Карабаха.
Возвращаясь из похода в Грузию, Ага-Мухаммад-хан счел момент удачным для объявления себя шахиншахом. В марте 1796 года в Муганской степи была проведена церемония коронации. Ханы, эмиры и шиитское духовенство признали Ага-Мухаммада своим шахом. Здесь же Ага-Мухаммад-шах определил порядок наследования престола династии Каджаров. После него должен был править племянник Баба-хан (он же Фатх-Али-хан), затем его сын Аббас-мирза и сын последнего Мухаммад.