Между тем война приняла затяжной характер, ибо Россия, вступив в антинаполеоновскую коалицию, не могла послать подкрепления на Кавказ, а у Ирана не хватало сил изгнать имеющиеся русские войска. Надежды Ирана на английскую помощь не оправдались. Англия оказалась союзницей России по антифранцузской коалиции. Тогда шах порвал с Англией и обратился за помощью к Франции.
Фатх-Али-шах обещал французскому послу Жуберу заключить с Францией военный союз, а после победы над Россией пропустить французскую армию через Иран в Индию и послать туда свои войска. Жубер договорился с Аббас-мирзой о присылке французских инструкторов и артиллеристов для реорганизации иранской армии. Для переговоров с Наполеоном в Париж отправился Мухаммад-Реза-хан. Преисполненный радужных надежд, Фатх-Али-шах писал Наполеону: «Поскольку Россия является в одинаковой мере врагом как шаха Персии, так и короля Франции, разрушить эту страну является долгом этих двух государей, если вы будете действовать со своей стороны, а мы с нашей, то русские силы будут уничтожены, власть и господство будут принадлежать обоим государствам, и другие повелители будут вынуждены им повиноваться».
Летом 1805 года Каспийская флотилия предприняла экспедицию на Решт и Баку, но не преуспела. Тогда к Баку подступили русские войска во главе с Цициановым. Представитель Бакинского Хусайн-Кули-хана объявил, что крепость сдается, и предложил завтра вручить Цицианову ее ключи. 8 февраля 1806 года, оставив отряд из 200 человек в отдалении, Цицианов с переводчиком и адъютантом подошел к воротам крепости. Из них вышли придворные и попросили перенести церемонию передачи ключей еще на день. Цицианов ответил: «Завтра приду с лестницами». Тогда договорились, что генерал и хан встретятся позже сегодня.
В 9 часов утра главнокомандующий ждал в условленном месте. Из крепости выехал комендант со свитой, которые везли ключи. Наконец появился и хан. Он подал на блюде ключи и расцеловался с князем. Но как только хан отошел, из ворот города выскочили два всадника, выстрелили в Цицианова в упор, быстро отрубили ему голову, успев сорвать с мундира все ордена с бриллиантами и отрезать палец с перстнем. Из ворот выехал отряд кавалерии, окруживший хана. Переводчик побежал за ними, крича, что они поступили нечестно. Тогда пристрелили и его.
Голову Цицианова отослали в Ардебиль. А после того, как ей налюбовался Аббас-мирза, переправили в Тегеран, пред очи Фатх-Али-шаха. Русским командующим на Кавказе был назначен генерал Иван Васильевич Гудович. Под его командованием летом 1806 года было отражено вторжение 20-тысячного иранского войска в Карабах, а 3 сентября был взят Баку.
Тем временем в восточно-прусском Финкенштейне 4 мая 1807 года был подписан франко-иранский договор. В соответствии с ним в Иран прибыла французская военная миссия и 70 офицеров во главе с генералом Клодом-Матье Гарданом. Французы открыли в Тебризе офицерское училище, а в Исфахане – завод для отливки пушек. Русско-иранские переговоры 1807 года не дали результатов. Тегеран соглашался на мир, только при условии передачи Ирану всех земель южнее Кизляра.
Несмотря на заключение в том же году Тильзитского мира, Франция продолжала антирусскую политику в Иране. Французы обучали иранскую армию, строили крепость Аббасабад, создавали арсеналы и пороховые заводы в Исфахане и Тебризе. Гардан подписал договор о поставке в Иран 20 000 ружей.
В марте 1808 года И.В. Гудович направил в Тегеран подполковника Врезе на переговоры. Гардан, выступавший посредником, предложил заключить перемирие, а мирные переговоры вести в Париже при посредничестве Наполеона. Александр I отверг это предложение, заявив французскому послу в Петербурге Коленкуру: «Мои дела с Персией не могут интересовать императора».
В сентябре 1808 года военные действия возобновились. Русские войска попытались наступать, но неудачный штурм Еревана в ноябре вынудил их отойти в Грузию. Англичане довели до шаха сведения о франко-русском союзе и предложили Ирану свою помощь. 13 февраля 1809 года иранцы выпроводили миссию Гардана, заявив, что Иран будет сотрудничать с Англией, раз Франция не может заставить Россию уступить ему Грузию.
12 марта в Тегеране был подписан англо-иранский договор. По его условиям Англия обязалась выплачивать Ирану ежегодно 160 тысяч туманов до окончания войны с Россией, поставлять ему оружие и прислать военных инструкторов. Английский посол в Иране Харфорд Бриджес Джонс предложил использовать новую тактику – изматывать русскую армию набегами и мелкими стычками. Это было осуществлено летом 1809 года, но не привело к изменению ситуации в Закавказье.