А местное духовенство объявило бабидам священную войну – джихад. И вслед за армией Махди-Кули-мирзы к Шейх-Табарси направились отряды ортодоксальных шиитских талибов и мулл. Прибыв на место, войска обнаружили, что вдоль всех стен бабидской крепости расставлены колья с насаженными на них головами. Это были головы солдат Аббас Кули-хана, погибших 3 февраля. Мохаммед-Али Барфуруши приказал выкопать тела убитых солдат, отрубить им головы и разместить их на кольях вокруг крепости для устрашения тех войск, которые прибудут к Шейх-Табарси впоследствии.
На этот раз Аббас Кули-хан и Махди-Кули-мирза решили вести осаду крепости по всем правилам военной науки. Они окружили ее со всех сторон и начали строить укрепления. Связь осажденных с окрестными деревнями была прервана. Многие крестьяне, подозреваемые в поддержке бабидов, были арестованы и подвергнуты пыткам. День и ночь велось наблюдение, чтобы из крепости никто не вышел, а туда никто не вошел. Для патрулирования были выделены два отряда: один во главе с Абдуллой-ханом Наваи, другой под началом Хади-хана Нури.
Остальные воинские части осадили Шейх-Табарси. С западной стороны размещались ашрафские стрелки под командованием Насрулла-хана. С севера стоял савадкухский полк Али-хана. С востока к крепости подошли отряды Мустафа-хана Хазар-Джериби. С юга расположились войска Аббас Кули-хана Лариджани. Солдаты вырыли окопы и насыпали высокие земляные валы. На валах были построены башни, с вершин которых велся обстрел внутреннего двора крепости. Зажигательными ракетами поджигались деревянные строения в Шейх-Табарси. Тогда бабиды нарастили в высоту старые валы и насыпали новые, для защиты от обстрела.
Тем временем в лагерь осаждающих прибыли две пушки и две мортиры, присланные по приказу Таги-хана из Тегерана. Они начали обстреливать крепость, и бабидам пришлось перебраться из домов в землянки, выкопанные у внутренней стороны крепостных стен. Но попытки взять Шейх-Табарси приступом были безуспешны. Махди-Кули-мирза выступил с обращением, обещая добровольно покинувшим крепость не только прощение, но даже вознаграждение. Но эта агитация успеха не имела. Тогда по приказу губернатора был доставлен отец руководителя бабидов Мохаммеда-Али Барфуруши. Его отправили в крепость, чтобы он уговорил сына прекратить сопротивление. Но и это ничего не дало.
В феврале к Шейх-Табарси прибыли подкрепления из Хазар-Джериба во главе с Джафар-Кули-ханом Баларустаки и его племянником Тахмасп Кули-ханом. Их направили к западной стене крепости. Через несколько дней с помощью прибывших, перед западной стеной было почти закончено укрепление, превышавшее высотой остальные. Стремясь быстрее закончить его, офицеры заставляли солдат работать и днем и ночью.
В одну из ночей в конце февраля солдаты Джафар Кули-хана и Тахмасп Кули-хана закончили работу до рассвета и вернулись в лагерь. Разгневанный командующий Махди-Кули-мирза приказал им немедленно вернуться и закончить укрепление. Хазарджерибцы вернулись, но вместо работы уснули.
Бабиды не замедлили воспользоваться представившимся случаем. Около 200 человек, вооруженных в основном холодным оружием, вышли из крепости и атаковали спящих хазар-джерибцев. Весь отряд был вырезан, а укрепление порушено. Джафар Кулихан был ранен, а Тахмасп Кули-хан убит. Первый остался жив только потому, что выбросился в ров, куда падали убитые солдаты. Махди-Кули-мирза послал подкрепление, но когда оно подошло, бабиды уже отошли в крепость. Джафар Кули-хана вытащили из рва и отправили в город Сари, но по пути туда он умер.
Меж тем запасы продовольствия в Шейх-Табарси стали истощаться. Все коровы и овцы уже были съедены. Лошади дохли без фуража. Бабиды больше не могли получать еду от крестьян. Попытка проникнуть через позиции осаждающих успехом не увенчалась. Несколько бабидов во главе с муллой Саидом были схвачены при попытке тайно выйти из крепости. Махди-Кули-мирза пытался допросить их о положении в Шейх-Табарси, но они молчали даже под пытками. Тогда муллу Саида и других бабидов заковали в кандалы и отвезли в Сари, где их публично казнили.
Дефицит еды в Шейх-Табарси становился все больше. Бабиды стали резать оставшихся лошадей на мясо. Голод усиливался. Однажды ночью из крепости перебежал мирза Мохаммед-Хосейн Кули с двумя сообщниками. Он заявил об отказе от бабизма, рассказал о смерти Хосейна Бошруйе и тяжелом положении осажденных. Несмотря на сложную обстановку, повстанцы продолжали оборону. Проявилась нехватка пороха. По приказу Мохаммеда-Али Барфуруши бабиды стали гасить фитили не успевших взорваться бомб и добывать из них порох.