В случае Радищева, Паскова, Княжнина, да и в делах других первых авторов политического оппозиционного памфлета в России Тайная канцелярия обрушивалась на них не совсем в слепой злобе. Видимо, сыску уже тогда хватило дальновидности разглядеть будущие опасности царскому престолу от этих первых и робких начинаний. Опасность эту Шешковский разделял и делился своими соображениями об «авторах-смутьянах» на аудиенциях у императрицы. Та тоже разделяла опасения сыска, об этом же свидетельствет и резолюция Екатерины на радищевском деле о том, что автор «Путешествия из Петербурга в Москву» будет похуже Пугачева. Идейный агитатор против верховной власти приравнивался к бунтовщику, взбаламутившему незадолго до того половину империи русским беспощадным бунтом. Время подтвердило правоту Шешковского в вопросе об опасности для монархии в целом появления такого направления общественной мысли в России. Только к концу XVIII века российский политический сыск начал делать какие-то первые прогнозы, это были зачаточные ростки политической аналитики сыска для власти. Понемногу первая спецслужба России переставала быть совсем уж слепым топором в руках монарха, что было характерно для первых двух вариантов Тайной канцелярии от времен Петра Великого до Елизаветы.
Собрату Радищева в Москве Новикову, возглавлявшему тайный кружок «мартинистов» на почве подражания европейским масонам, и тоже не совершавшему никаких прямых антиправительственных действий, по той же схеме пришлось отправиться сначала в крепость, а затем в долгую ссылку. При этом характерно, что в истории с Новиковым, где фигурировал не одиночка-либерал Радищев, а организованная тайная группа, Тайная канцелярия сразу начала раскручивать дело антигосударственного заговора и искать связи мартинистов из Москвы с заграничными темными силами. Ведь после первого ареста книгоиздателя Новикова следствие было приостановили, но люди Шешковского вскоре нашли некие письма Новикова в Европу. А они уже позволили обвинить его кружок в тайных связях с обществами «розенкрейцеров» и «иллюминатов», начав новое расследование по делу о масштабном заговоре с поддержкой из-за границы.
На беду Новикова и его подельников в это время, в марте 1792 года, в Швеции на балу, офицер Анкарстрем с неясной до сих пор до конца целью убил шведского короля Густава III. И в том же марте 1792 года в Вене внезапно умер австрийский император Аеопольд II, как и Густав с Екатериной, один из главных инициаторов создания коалиции монархов Европы против революционной Франции. И по дворам Европы пошел зловещий слух: захватившие власть во Франции революционные якобинцы начали расправляться с европейскими монархами руками союзных им масонских тайных обществ.
Эта версия, охотно поддержанная в России Тайной канцелярией, и сгубила новиковцев. Шешковский доложил государыне, что русские мартинисты по просьбе загадочных иллюминатов и парижских революционеров готовят переворот с ее убийством, да еще вовлекают в свои сети наследника престола Павла, а из Парижа в помощь мартинистам уже выехал некий разведчик Бассевиль для организации убийства императрицы. В ходе следствия затем не нашли ни доказательств связи Новикова с французской разведкой, ни пресловутого «агента Бассевиля», но дело о государственном заговоре уже было раскручено, и оно закончилось для Новикова приговором в виде 15 лет в каземате Шлиссельбургской крепости. Его главные сподвижники из мартинистов Трубецкой и Лопухин осуждены к ссылке. По этому же делу попал в подвал Шешковского и российский студент Невзоров, возвращавшийся домой после обучения в голландском университете и арестованный прямо на границе: из него пытались на следствии сделать замену таинственному агенту Бассевилю, представив завербованным французскими смутьянами курьером к русским мартинистам. И сразу после дела новиковцев отдельным указом в Российской империи запрещены масонские ложи как возможный источник распространения «французской заразы». Шешковский предлагал организовать масштабный процесс против членов масонских лож в России с десятками обвинительных приговоров, но Екатерина приказала сыску унять аппетиты, и по делу Новикова репрессированы только несколько человек.