В том же 1569 году впервые сыск получил поручение искать измену в армейском руководстве после военных неудач, что тоже знакомо нам и из более поздней российской истории. Скуратов лично допрашивал воеводу Нащокина, обвиненного в трусости и сдаче ливонцам города Изборска, в итоге отпущенный ливонцами из плена воевода после пыток убит опричниками — тоже довольно знакомый нам и по XX веку сюжет отечественной истории. И в том же 1569 году впервые сыск применял принцип коллективной ответственности за государственную измену: опричники вину за неудачи в Ливонской войне возложили на население целых городов, проводя массовые карательные акции в Твери, Торжке, Клину, Новгороде. А вслед за казненными опричниками «изменниками» впервые применили репрессии и к членам их семьей безо всяких дополнительных обвинений. Когда говорят, что чем период интереснее для историка, тем он для современников печальнее — к 1569 году в нашей истории это относится особенно. Для нас он отправная точка в истории российского тайного сыска, для населения Российского государства этот год был окрашен в кроваво-черные тона.
С этого года стартуют уже массовые опричные процессы и казни: дело о новгородской измене, казни в Москве на Поганой Луже, большое дело об измене в руководстве русским войском с казнью талантливого полководца Воротынского, массовое убийство польских пленных при личном участии в кровавой оргии царя, убийства для развлечения на пирах. В 1570–1572 годах опричники гуляли по стране, опустошая целые области.
В верхах власти постепенные волны репрессий уничтожили практически все окружение Ивана Грозного в первый до-опричный период его царствования. Убиты фактически все первые лица в государстве: Адашев, Оболенский, Висковатый, Вяземский, Воротынский, Старицкий, Шереметев, Яковлев. Не избежала террора и церковная элита страны: после убийства опричниками митрополита Филиппа Колычева репрессиям подвергли его родню и его сторонников в православной церкви. Ведущий воевода и военачальник царского войска князь Андрей Курбский прямо с театра военных действий в Ливонии бежал от неминуемой казни через границу в Европу, став первым в российской истории невозвращенцем такого ранга по политическим мотивам и из эмиграции обличая царя-деспота в неуемных жестокостях. В известной переписке Курбского из эмиграции с Иваном в Москве есть и немало мест, касающихся действий опричников, которых князь-эмигрант именовал «кромешниками» (людьми тьмы). В том числе и такие: «Царю, некогда светлому, от Бога прославленному, ныне же по грехам нашим огорченному адскою злобою в сердце, прокаженному в совести, тирану беспримерному, внимай! Вымышляя клевету, ты верных называешь изменниками, христиан чародеями, свет тьмою и сладкое горьким!» Царь на это отвечал пространными посланиями Курбскому, где рефреном повторяется одна главная мысль: «Бесстыдная ложь, что говоришь ты о наших мнимых жестокостях» — традиция отрицать до последнего перед заграницей внутренние жестокости сыска в России появилась с первых же лет существования первых прообразов политической полиции. Только в более поздних письмах царя Курбскому, когда правду о размахе опричных репрессий в России перед Европой скрывать было уже бессмысленно, Иван косвенно признал: «Ведаю свои беззакония, но спасет меня милосердие Божие», а затем пускался в демагогические оправдания своего террора в стране рассуждениями на библейские темы. В итоге Курбскому бессмысленные заочные прения с тираном надоели, он предрек расплату всему царскому роду и написал печально: «Засим кладу перст на уста, изумляюсь и плачу».
Кроме письменных посланий из Москвы на обвинения Курбского, царь ответил и новой волной еще более жестоких чисток в стране. В отместку опричниками убиты все слуги Курбского, а также его жена и малолетний сын, которых лично задушил один из главных опричников Федор Басманов. Доставивший Ивану Грозному из-за границы письма Курбского его слуга Василий Шибанов брошен по приказу царя в застенок и подвергнут опричниками пыткам. Репрессированы родственники талантливого полководца воеводы Воротынского, в 1572 году отогнавшего на Оке подошедших к Москве крымских татар, но уже через год казненного опричниками по надуманному обвинению в измене. Только по делу боярина Федорова, обвиненного опричниками в колдовстве, вместе с ним в считаные дни уничтожено почти полтысячи родственников и слуг.