А Паткуль был направлен на самый сложный участок Северной войны. В тайной войне со шведской разведкой, которую при дворе Карла XII возглавлял граф Пипер, Иоганн Паткуль проявил себя не только отличным разведчиком, но и просто отважным человеком. Без оглядки на висевший над ним вынесенный шведским судом смертный приговор Паткуль несколько раз под чужим именем и с легендой немецкого купца переходил границу Шведского королевства, встречаясь со знакомыми ему лифляндскими дворянами и поднимая их на выступление против шведского короля. Во время одной из таких вылазок отряд Паткуля попал в окружение шведских драгун, раненный в перестрелке, разведчик сумел ускакать и опять уйти из шведских владений.
За эту деятельность Иоганн Паткуль до сих пор считается в Швеции предателем, работавшим на врага против собственного отечества, своего рода «власовцем» из XVIII века. Российские историки, защищая нашего разведчика от таких обвинений, не устают пояснять, что Паткуль по национальности не швед, а выходец из немецких дворян Лифляндии, входившей тогда в шведские владения, а следовательно — не предатель своей родины, а лифляндский патриот-сепаратист. Хотя здесь есть о чем поспорить, ведь с этой точки зрения и гетман Мазепа не русский, а украинец и только подданный Российского государства, как Паткуль до его побега из тюрьмы за границу был шведским подданным. Однако Мазепу наша история продолжает именовать предателем России, хотя он такой же украинский сепаратист на службе чужого государства, каким лифляндским сепаратистом был Паткуль.
Здесь в оценках необходимо быть объективным, хотя бы установить какие-то одни критерии, без односторонней и набившей оскомину формулы о том, что «все, кто за нас, разведчики, а кто против нас — шпионы». Возглавлявший при Карле шведскую разведку граф Пипер, кстати говоря, той же шведской историей считается национальным героем и жертвой жестокости русских. В 1715 году в ходе Северной войны он попал в плен к Петру I, был заточен в Шлиссельбургскую крепость и там вскоре скончался из-за условий содержания, очень далеких от современных требований Женевской конвенции об обращении с военнопленными. Это тоже не самая бесспорная страница нашей истории.
Из Лифляндии Паткуль направляется царем в Польшу. В Польше союзники России по антишведской коалиции поляки терпели поражения от талантливого шведского короля-полководца Карла XII, и среди окружения польского короля Августа зрели идеи одностороннего выхода из войны и мира со Швецией. Посланный к польскому двору Паткуль не только был своеобразным советником по войне и разведке ставки короля Августа, но и тайно пытался расстроить сепаратные переговоры польской «партии мира» со шведами, подобно литературному Штирлицу Юлиана Семенова в Третьем рейхе. В шифрованных посланиях Паткуль успел сообщить Петру I о том, что планы сепаратного мира в польской верхушке уже вызрели, и получил от императора приказ выехать немедленно в Россию. Но на свой страх и риск разведчик решил просить аудиенции у Августа и попытаться отговорить его от выхода из войны. Паткуль не знал о том, что сам король давно склонен окружением к разрыву с Россией и миру со шведами, поэтому стал жертвой предательства поляков. В 1706 году Август подписал сепаратный Альтранштадский мир со шведским королем Карлом, отдельным пунктом которого была выдача Швеции уже арестованного к тому времени поляками в их военной ставке Паткуля. Переданный шведам Паткуль был по давнему приговору обезглавлен. Так закончилась эпопея талантливого иностранца на русской разведывательной службе.