11 мая в Нарве вспыхнул пожар. Позже была сочинена красивая легенда, что немец-протестант бросил в костер православную икону, а она ответила потоком огня и подожгла город. Увидев, что «наша Нарва» загорелась, жители Ивангорода кинулись переправляться через Нарову на подручных плавсредствах, даже на сорванных с петель дверях. В самой Нарве творилось невесть что. Горожане в ужасе метались по улицам в клубах дыма и огня, пытались спастись в городском рву. Кнехты Зеегафена, решив, что враг наступает, построились в боевой порядок на городской площади, немного постояли в дыму и, не дождавшись врага, вернулись в замок.
Русские без сопротивления взяли город, окружили замок и открыли по нему орудийный огонь. Немцы пытались отстреливаться с орудийной башни «Длинный Герман», но в спешке плохо зарядили орудие, и оно взорвалось, разметав всю артиллерийскую площадку. К Нарве на выручку подошел отряд Г. Кеттлера, но он остановился неподалеку и не стал ничего предпринимать.
Зеегафен провел ревизию ресурсов для обороны замка и нашел три бочки пива, немного ржаной муки, вволю сала и масла и пороху на полчаса стрельбы. Пришлось сдавать замок. Русские не настаивали на сдаче в плен и беспрепятственно выпустили из замка отряд кнехтов с оружием. С отрядом ушли горожане, не пожелавшие оставаться в занятом русскими городе.
Падение Нарвы резко изменило ход войны. «Юрьевская дань» стала Ивану IV более неинтересна: оказывается, можно ее брать не деньгами, а городами. Когда ливонская делегация с «юрьевской данью» наконец прибыла в Москву после взятия Нарвы, то денег у нее не взяли. Послам ответили, что царь уже довольно получает в Ливонии. Послы особо не настаивали, чтобы избежать объяснений, как 60 тысяч талеров по мере передачи денег от городов к магистру и от магистра к послам каким-то непостижимым образом превратились в 40 тысяч. По возвращении в Ливонию эти деньги присвоил магистр, сказав, что средства все равно были собраны на нужды ордена…
Взятие Нарвы стало символом для обеих сторон конфликта. В Россию торжественно перенесли найденные на пожаре неопалимые иконы (потом образы Богородицы и Святого Николая хранились в нарвской церкви) и объявили, что падение города было чудом, Божьей волей. В Европе стали утверждать, что Нарва — источник богатства и экономического процветания русских. Кеттлер писал императору Священной Римской империи: «Нарва, которой владеют русские, это — глаз Ливонии, и ее необходимо отвоевать, ибо без Нарвы русские, лишившиеся главной опоры, не страшны». Француз Губерт Ланге писал Кальвину 26 августа 1558 года: Иван IV взял Нарву, самую удобную гавань на Балтийском море. Русский царь не успокоится, пока не упрочит свое могущество. «Если в Европе чье-либо могущество должно возвеличиваться, это будет Россия».
В июле 1558 года русская армия вторично вошла в Ливонию. Она двигалась тем же маршрутом — от границы под Нейгаузеном вдоль западного побережья Чудского озера в направлении местности Оденпе. Но теперь, кроме деревень, русские осаждали и брали города: Кирримпе, Дерпт, Ковлет, Ранден, Конгот, Ринген, Нейшлосс, Везенберг. Историк В. Пенской справедливо назвал летний поход 1558 года «Потопом» — по известной библейской аналогии. К концу августа русские контролировали земли Одинпе, Вирланд и Аллентакен и развернули наступление на Летляндию (направление Венден — Шванебург), Гарриен и Вик (окрестности Ревеля и Вейсенштейна).
Осенью орден смог нанести несколько контрударов, отбить Ринген и осадить новую столицу «Русской Ливонии» — Дерпт, переименованный в Юрьев. Ливонцы показали, что они способны к сопротивлению и их рано списывать со счетов. Тем не менее итоги военной кампании 1558 года были однозначны: гибель Ливонии была вопросом времени, причем ближайшего. Надо было решать, как делить Прибалтику и кто в этом будет участвовать.
Начало раздела Ливонии
Россия недооценила масштаб международного кризиса, вызванного ее военной операцией. Видимо, это было связано с недостаточной информированностью русской дипломатии о планах Пруссии и Польской короны в отношении Ливонии. О Позвольском договоре, судя по всему, знали, но не воспринимали его всерьез — во всяком случае, он не остановил наступления русских.
В феврале 1558 года, практически одновременно с первым набегом на Ливонию, Москва начала большую дипломатическую игру с Великим княжеством Литовским. Суть ее можно выразить словами: «Крым в обмен на невмешательство в Ливонии». 19 февраля 1558 года в Литву прибыло посольство Р. Алферьева и подьячего И. Тютева. Россия предлагала военно-политический союз против Крымского ханства. Такой альянс, несомненно, получил бы полное одобрение у европейской антимусульманской лиги и ее лидера — Священной Римской империи. За военную помощь Великое княжество Литовское должно было заплатить лояльностью: отказаться от старых территориальных претензий к России и не противодействовать войне в Ливонии.