Священная Римская империя наблюдала, как на ее глазах делят Ливонию, но никаких реальных шагов не предпринимала. В сентябре 1560 года Шпейерский рейхстаг обратился к Англии, Польше, Дании, Швеции и ганзейским городам с просьбой о поддержке. В октябре повторно собравшийся рейхстаг от имени императора поручил Иоганну Альбрехту Мекленбургскому организовать сбор средств в Польше, Швеции, Англии, Дании, Испании, Франции, германских городах и связанных с Ливонией богатых нижнерейнских и вестфальских землях. Было также решено запретить экспорт в Россию боеприпасов и военного снаряжения. 1 ноября вышел императорский указ о запрете нарвской торговли военными товарами. В декабре третье заседание Шпейерского рейхстага объявило сбор средств для найма солдат и их отправки в Ливонию. Однако средства не собирались, а запреты не соблюдались. В отношении Прибалтики империя проявила редкое политическое бессилие. Датские и польские дипломаты сумели изобразить дело так, что они не захватывают Ливонию, пользуясь ее бедственным положением, а фактически спасают эту страну и земли Священной Римской империи. Датский король уверял, что формально Эзель и Вик — владения империи, хотя там пока правит датский герцог и стоят датские войска…
В 1560‐м — начале 1561 года Ливония была поделена на несколько частей: Эзель, Вик и части Гарриена и Курляндии были в руках датчан; Вирланд, Аллентакен, Одинпе и часть Иервена — под оккупацией России; значительные районы Курляндии и Летляндии — в залоге польскому королю Сигизмунду; Ревелем и Гарриеном владели шведы; власть ордена распространялась на некоторые разоренные войной районы Иарвена и Гарриена и на менее пострадавшую Курляндию; независимость сохраняла Рига.
Магистр Кеттлер забрасывал короля Сигизмунда II Августа письмами, в которых умолял как можно скорее ввести войска в еще не занятые русскими районы Ливонии — ввести на любых условиях. Король не спешил — он должен был выяснить, удастся ли обыграть Россию дипломатическим путем. Посольство Мартина Володевича в январе 1560 года фактически обрисовало перед Иваном IV два сценария развития событий. Выбор был простой: или Россия уходит из Ливонии и вступает в союз с Польшей и империей против «мусульманского мира», или не уходит и тогда против нее выступит вся Европа, начиная с Королевства Польского и Великого княжества Литовского.
Сигизмунд II, видимо, допускал, что участие в «антимусульманской лиге» будет для России наградой, стóящей уступок в Ливонии. Надежда была напрасной. Москва мыслила совсем в других категориях, чем Краков и Вильно. У царя Ивана были свои представления не только о целях, к которым надлежит стремиться, но и о наградах. Главной наградой был он сам.
18 августа 1560 года государь приказал отправить в Литву посольство окольничего Ф. И. Сукина и дворцового дьяка Г. Шапкина с предложением… сватовства московского монарха к сестрам-Ягеллонкам, принцессам Анне или Екатерине. Тем самым был бы заключен династический союз между двумя могущественнейшими династиями Восточной Европы. В условиях, когда Иван Грозный — зять короля Сигизмунда II, конечно, ни о каких спорах за Ливонию не могло бы быть и речи. Но Ягеллон не оценил предложения и отказал, выдвинув условием заключения брака вывод русских войск из Ливонии, возврат Смоленска и Северских земель. Иван IV явно переоценил себя как жениха, так же как Сигизмунд II — прелести для России членства в европейском военно-политическом союзе.
Тем временем в Ливонии начались первые боевые столкновения литовских и русских войск. 31 августа 1561 года М. Радзивилл взял замок Тарваст, который оборонял русский гарнизон. Собственно, с этого момента можно отсчитывать начало русско-литовской войны.
28 ноября 1561 года по Второму Виленскому соглашению началась официальная ликвидация Ливонского ордена. Его последний магистр, Г. Кеттлер признал себя вассалом Сигизмунда II Августа и получил в ленное владение Курляндское и Земгальское герцогства. 5 марта 1562 года литовский князь М. Радзивилл принял присягу магистра, архиепископа и ливонских сановников. Эта дата и считается днем гибели ливонской ветви Немецкого ордена.
Новые реальности Прибалтики
В результате «войны за ливонское наследство» 1558–1561 годов в Прибалтике возникла новая геополитическая реальность. Исчез Немецкий орден, с ХIII века господствовавший в регионе. Это было средневековое государство, основанное на союзе креста и меча, католических епископств и духовно-рыцарской корпорации. В нем постепенно все большую роль начинали играть города и торговые корпорации.
Непрочная конфедерация Ливония легко распалась на части. Показательно, что о единстве Ливонии вопрос даже не поднимался, каждый ландсгерр и город спасались в одиночку. Новые территориальные единицы образовывались по принципу: «Отдаю суверенитет и принимаю чужое подданство в обмен на военную защиту». Для Средневековья это была привычная формула. Карликовые суверены теряли независимость и переходили под сюзеренитет более сильных монархов.