И другими отступниками от единства Церкви озаботились отцы Никейские, оказав, однако же, некоторую снисходительность Новатианам, которые называли себя чистыми и гордились фарисейской строгостью, отвергая вторые браки и покаяние падших. Их дозволено было принимать в Церковь по отречении от раскола и с сохранением иерархических степеней клира. Последователей же Павла Самосатского, неправо мыслившего о Господе Иисусе, поведено перекрещивать, ибо, при совершении таинства, они не призывали имени Отца и Сына и Св. Духа. Двадцать канонов сохранились от первого Вселенского Собора, кроме его славного Символа, и предусмотрены или отвращены ими многие беспорядки, наипаче иерархические. Строго воспрещено вводить в клир скопивших себя, по безрассудной ревности, подобно Оригену, или недавно обращенных к вере, не могущих еще служить утверждением для других, или нечистых жизнью, или идоложертвовавших во время гонений, или корыстолюбцев.
Некоторые, движимые чрезмерной ревностью, предложили на Соборе положить необходимым правилом безбрачие священства, запретив клирикам даже содержать в домах своих жен, кроме ближайших родственниц; но Пафнутий, епископ Фиваиды, исповедник и девственник, зная по опыту, каких усилий стоит эта последняя добродетель, и будучи более снисходителен к другим, нежели к самому себе, горячо вступился за клириков, на которых возлагалось столь тяжелое бремя; он напомнил слово Апостольское, что брак честен и ложе нескверно, и сходно с мнением его Собор положил, чтобы вступавшие в брак до священства сохраняли жен своих, дабы в столь многочисленном сословии клириков не проистекло впоследствии соблазнов.
Собор прекратил беспорядки диаконов, преступавших свою степень, указав их служебное назначение, и воспретил им преподавать Св. Тайны пресвитерам и садиться в кругу их; диакониссам же, пекущимся о бедных, велел носить особую одежду и принимать свою должность с возложением на них рук святительских; определил и степени покаяния для падших во время гонений, судя по тому, как они сделались отступниками от Церкви и обращались или падали вторично; но, по древнему милосердому обычаю, умирающим никогда не отказывалось в последнем их напутствовании в вечную жизнь. Рассуждение о степени их вины поручено было исключительно епископам, с непременным условием, чтобы запрещенного одним, не смел разрешать другой, а на случай запрещения или отлучения неосновательного, предписано рассмотрение соборное; почему частные соборы должны были сходиться в каждой области по два раза в год, пред Пятидесятницею и осенью, для рассуждения дел церковных, в союзе мира и любви, и таким образом соборное правительство положено в основание управления Церкви. Для поставления же епископа положено собираться всем епископам области, а по нужде трем, с письменным согласием прочих, и не переходить с места на место, для прекращения беспорядков церковных.
На Соборе Никейском впервые является название митрополита, т. е. епископа столицы, старейшего над всеми архиереями какой-либо области, вместо обычного имени епископа или папы, которым назывались пастыри Христова стада. По канонам Никейским определены были границы власти и трех старейших кафедр Церкви Вселенской — Рима, Александрии, Антиохии, которые первенствовали на западе в Европе, на юге в Африке и на востоке в Азии, имея основателем того же верховного Апостола Петра. «Да сохраняются неизменно, — говорит Св. Никейский Собор, — древле учрежденные обычаи в Египте, Ливии, Пентаполии, и епископ Александрии да имеет начальство над сими областями, поскольку и епископ Рима имеет у себя такое же преимущество. То же да будет соблюдаемо в Антиохии и других областях, и всякая Церковь да сохраняет права свои».
Здесь видно совершенное равенство трех вселенских престолов, посреди соборного правительства Церкви, и четвертый, именитый, хотя малый — престол Иерусалимский — был вызван из своего смиренного положения отцами Никейскими и предпочтен митрополиту Кесарии Палестинской, от которого некогда зависел; новый же престол Византии еще не пользовался правами митрополии, ибо не было в нем столицы империи. Таковы были уставы вселенские святых трехсот восемнадцати Отцов Никейских, празднуемых Церковью, ради великого подвига их к утверждению ее догматов. Они обнародованы были царскими грамотами повсеместно, и Соборным посланием ко всем Церквам, особенно же к Александрийской, где возникла ересь, с изложением истинного учения, вопреки хулениям Ария. Миролюбивая трапеза в чертогах царских заключила трехмесячное заседание Собора; щедрость Кесарева наградила отходящих в путь.