К утру 20 января восставшими был занят почти весь город кроме ташкентской крепости, ташкентской школы красных командиров (туркестанских командных курсов) и укрепленного района вокруг железнодорожных мастерских. Массовый расстрел членов правительства Туркестанской республики, по-видимому, стал еще одной трагической ошибкой восставших и вызвал результат прямо противоположный ожидаемому. Первоначально заговорщики рассчитывали, причем небезосновательно, привлечь на свою сторону членов партии левых эсеров, которые занимали в Ташкенте многие ключевые посты и имели немалый авторитет, в том числе среди военных. Однако эта акция сразу же поставила мятежников «вне закона» и оттолкнула от них потенциальных союзников. Оставшийся большевистский актив совместно с представителями левых эсеров, напротив, в кратчайшие сроки сумел организоваться и мобилизовать все имеющиеся в наличие силы: рабочую дружину железнодорожных мастерских под руководством Д. И. Манжары, курсантов Туркестанских командных курсов, гарнизон ташкентской крепости, отряд Колузаева.
Был создан временный революционный военный Совет для борьбы с мятежом. В состав военного совета из 14 человек вошли большевики, левые эсеры, один анархист и беспартийные рабочие. Председателем вначале был избран эсер А. И. Панасюк, вскоре замененный большевиком А. А. Казаковым, который в марте стал и председателем ТурЦИК, т. е. главой правительства. Командующим войсками был избран Колузаев, впоследствии замененный И. П. Беловым.
После поражения в ходе трехдневных уличных боев в Ташкенте, 21 января, Осипов, захватив золотой и валютный запас республики, хранившийся в городском банке, с отрядом оставшихся мятежников, численностью около 200 человек бежал из города и ушел по Чимкентскому тракту. Вместе с ним ушли полковник Руднев и князь Искандер, которые впоследствии сформировали из беглецов Ташкентский офицерский партизанский отряд. Властями было организовано преследование отряда Осипова. По железной дороге в Чимкент был направлен Перовский отряд численностью 500 человек, а кавалерийский эскадрон под командованием Лея в 200 сабель был направлен в погоню по Чимкентскому тракту спустя сутки. После боя под Чимкентом 23 января остатки отряда свернули на Чимган. В разгар зимы им удалось перевалить через отроги Западного Тянь-Шаня (Пскемский и Чаткальский хребты) и оторваться от преследования. После тяжелейшего высокогорного перехода отряд беглецов в количестве 92 человек спустился в Ферганскую долину и присоединился к войску Мадомин-бека.
Позднее Осипов вместе с отрядом Руднева поступит на службу к Бухарскому эмиру. Далее его следы затеряются. По одной из версий в конце 1919 года он будет убит одним из офицеров при попытке пробраться на Закаспийский фронт.
Судьба золота Туркестанской республики также остается неизвестной. Некоторые считают, что оно было спрятано беглецами в горах, возможно в одной из пещер. Существует версия, что Осипов сдал все ценности на хранение Бухарскому эмиру. Впоследствии, князь Искандер, один из активных участников январских событий, напишет воспоминания об этих днях, озаглавленные им «Небесный Поход». Примечательно, что буквально за несколько дней до восстания, приказом Военной коллегии по обороне ТуркРеспублики, Константин Ревякин был назначен начальником гарнизона и комендантом крепости Ташкент вместо И. П. Белова, члена партии эсеров. В архиве Ревякина сохранилась копия этого приказа.
«Приказ Верховной Военной коллегии по обороне Туркестанской Республики. 3 января 1919 г.
По постановлению Верховной Военной коллегии по обороне и военного Совета, начальник гарнизона и комендант крепости г. Ташкента тов. Белов считая с сего числа увольняется от занимаемой им должностей.
По постановлению Верховной Военной коллегии по обороне и военного Совета начальником гарнизона и комендантом крепости г. Ташкента считая с сего числа назначается командир боевого поезда тов. Ревякин.
Вследствие чего предлагается тов. Белову сдать все дела по упомянутым должностям тов. Ревякину и тов. Ревякину принять немедленно таковые от Белова.
Верховная военная коллегия
Члены: Осипов, Фигельский, Малков, председатель военного Совета Дуньков.»