После захвата ст. Ягман 28 декабря войска Закаспийского фронта были вынуждены прервать наступление. Как пишет Филиппов: «… наша армия переживала один из самых мрачных и тяжелых моментов за все время существования Закаспийского фронта. Никогда еще фронт не находился в таком безвыходном положении. Армия стала лицом к лицу со страшным врагом – голодом и повальными болезнями, которые грозили принять катастрофический характер и свести на нет всю титаническую борьбу. Армия представляла собой разношерстную изнуренную и оборванную толпу. Красноармейцы походили больше на движущиеся живые тени, чем на живых людей, способных еще держать в руках оружие». Войска испытывали острейший дефицит продовольствия, топлива и фуража. Из-за отсутствия топлива резко сократилось снабжение фронта. Начался падеж лошадей, верблюдов. Чтобы как-то разрядить ситуацию, кавалерийские полки были отправлены назад в Мерв. Более месяца войска приводили себя в порядок и решали проблемы со снабжением.
В течение января полки 1-й Туркестанской дивизии Закаспийского фронта были переименованы: 1-й Туркестанский полк остался первым, 1-й Черняевский полк стал 2-м Туркестанским, 1-й Оренбургский – 3-м, 1-й Коммунистический – 4-м и т. д. Для взятия Красноводска командованием Закаспийского фронта была создана ударная группа, состоявшая из 7 батальонов и 3 рот пехоты, 6 эскадронов кавалерии, 16 орудий, 45 пулеметов и отрядов вспомогательных служб (подрывного, саперного, связи). На железной дороге для огневой поддержки предполагалось использовать трофейные бронепоезда «Корнилов» и «Дозорный». Бронепоезд «Партизан» был поврежден белыми 17 января в результате обстрела ст. Кара-Тенгир дальнобойными орудиями с морских судов. Задача перед красными частями стояла крайне непростая. Город и порт Красноводск расположен на берегу Муравьевской бухты Красноводского залива и прикрыт со стороны суши скалистыми отрогами Куба-Дага, со стороны побережья – полуостровами Челекен и Уфра. Противником были укреплены все наиболее уязвимые направления и выгодные в стратегическом плане позиции. В десяти километрах от Красноводска по линии железной дороги находилась укрепленная линия из траншей, окопов и проволочных заграждений, построенная англичанами еще весной 1919 г. На берегу моря располагались артиллерийские позиции из 14 орудий разного калибра, в т. ч. 4-х тяжелых. По северному склону хребта были устроены полевые укрепления усиленного типа соединенные ходами сообщений. С северо-востока Красноводск прикрывал целый ряд отдельных опорных пунктов на расстоянии 5–6 км друг от друга с 4 скорострельными орудиями. В 1 км от города к северо-западу была установлена и укреплена батарея из 6 дальнобойных орудий. Еще 18 орудий было установлено в разных частях города.
Что касается живой силы, то, по сведениям разведки, противник располагал в районе Красноводска: остатками сводных Закаспийского и Туркестанского полков, сведенными в отдельную бригаду под командованием полковника Игнатьева, сводным кавалерийским полком полковника Колоссовского, группы генерала Репникова, сформированной из сводного Кавказского полка генерала Орлова, Мешедского отряда и отряда генерала Николаева (предназначенного для похода в Хиву). Кроме того в городе находились и другие мелкие отряды, штабные и нестроевые части. Общая численность белых войск в Красноводске приближалась к 4 тыс. человек. Кроме того, белое командование располагало военным флотом, состоявшим из 13 кораблей, барж и вооруженных пароходов, стоявших в Красноводском заливе. Из них четыре корабля: крейсера «Дмитрий Донской», «Америка», «Австралия» и канонерка «Князь Пожарский», были вооружены дальнобойными английскими морскими орудиями калибром 102 мм.