Чеховский заметил, что униатский владыка пребывал в Киеве для изучения обстановки и изложения программы действия своим сторонникам (вспомним, что среди членов Центральной Рады почти половина была гражданами Австро-Венгрии). В конфиденциальных разговорах Шептицкий продвигал идею создания пронемецкой «самостийной Украины». В это же время он начал создавать греко-католические очаги на территории Надднепрянской Украины; в Галичине основал сеть греко-католических экзархатов, а в Киеве — генеральный викариат во главе с Цегельским. Отдельный униатский экзархат митрополит также создал и в России, с центром в Петрограде; во главе поставил экзарха Федорова.
Центральная Рада усиленно ублажала Шептицкого. В центре Киева ему выделили четверть десятины земли для строительства униатской церкви, которая и была возведена сторонниками владыки в рекордно короткие сроки. По указанию ЦР легализуется деятельность генерального викария униатов в Киеве, дается разрешение на организацию парафий в Одессе, Екатеринославе, Виннице, Каменце-Подольском.
Но эта открытая, официальная деятельность забирала у деятельного Шептицкого только часть времени. Особую активность он проявил как духовный шеф и наставник обеих организаций, созданных австро-немецкой разведкой — «Союза освобождения Украины» и «Главной Украинской Рады». В это же время владыка создает сеть секретной агентуры в Надднепрянской Украине, проводит тайные совещания с влиятельными деятелями Центральной Рады на тему об устройстве будущей «самостоятельной» державы; выступает (как знакомо!) с проектом создания «украинского патриархата», который по его мнению, должен был стать духовной основой «украинской державности».
Вернувшись в Петроград, Шептицкий пытается добиться от Временного правительства права на легализацию «униатской церкви в пределах всей России». Одновременно пытается вести переговоры с представителями русского православия о том, не будет ли возможности в условиях революции «приблизить православную церковь к католической». Правда, вести эти переговоры на равных митрополиту мешало одно обстоятельство: он не имел на руках секретного акта, которым Ватикан уполномочил его действовать в пределах всей России. Этот документ лежал в архивах российской контрразведки. Однако с помощью своих влиятельных друзей и некоторых приверженцев из Временного правительства владыке удалось достать не только этот ценный документ, но и большинство бумаг, изъятых у него из львовского тайника во время войны.
Едва легализовав свою деятельность, Шептицкий тут же, без согласия Временного правительства, созывает в Петрограде так называемый «собор униатских деятелей в России».
По завершении этого мероприятия владыка обратился к Временному правительству с официальным заявлением, где указал:
И все же владыка оставался представителем враждебной державы… Чтобы тем временем облегчить его положение, австрийское правительство устроило провокационный розыгрыш. Военный суд приговорил к смертной казни православного священника Рыжова, настоятеля церквей в Праге и Карлсбаде, якобы как «русского шпиона». А через прессу австрийцы дали понять российскому правительству, что отменят решение, если Шептицкий выедет в какую-нибудь нейтральную страну. Временное правительство не только поспешило срочно выдать Шептицкому все необходимые для выезда документы, но и предоставило правительственный вагон. 9 июля 1917 года он прибыл в столицу нейтральной Швеции.