В огромных залах Соляного городка был создан необычный эффект присутствия благодаря диорамам, исполненным мастерами Академии художеств. Как описывали посетители музея, в одном из залов они видели «немецкие снаряды, которые падали на Ленинград, затем они видели дыру, как бы пробитую этим снарядом в кирпичной стене (на ней висели обрывки афиш Большого зала Филармонии и синели буквы столь знакомой ленинградцам надписи «Граждане! При артобстреле эта сторона улицы наиболее опасна!») и через нее – в перспективе перекресток Невского и Садовой, где 17 июля 1943 года на трамвайной остановке во время бомбежки погибло шестьдесят человек. Сухой стук метронома усиливал эмоциональный шок от этого зрелища трагедии и преступления. Образ голода и холода создавала заледенелая витрина магазина, где зритель словно сам протер рукавом маленький кружочек и увидел весы, на одной чаше которых стояли гирьки в 125 граммов, а на другой лежал кусочек того самого почти несъедобного хлеба, который составлял дневной рацион ленинградцев в страшное блокадное время. И это сразу брало за сердце».
В музее были залы, посвященные Дороге жизни, Зал партизанской славы, Зал МПВО, Зал Балтийского флота, Зал артиллерии, Зал трофеев, куда привезли захваченную немецкую технику, в том числе танки «Тигры» и огромные орудия, из которых гитлеровцы обстреливали город. Огромное впечатление производила окруженная пушками восьмиметровая пирамида из солдатских касок, пробитых осколками, которая напоминала знаменитую картину Верещагина «Апофеоз войны».
Музей посещали тысячи людей. Потрясенные, они оставляли восторженные отзывы, выражавшие восхищение мужеством и героизмом ленинградцев. Музей посетил будущий президент США Д. Эйзенхауэр, который написал в книге отзывов: «Музей обороны Ленинграда является наиболее замечательной выставкой из виденных мною. Героическая оборона города заслуживает увековечивания в нашей памяти». За работу над экспозицией Раков был награжден орденом Отечественной войны, а вскоре получил новое важное назначение – стал директором Публичной библиотеки.
В феврале 1949 года в Ленинград из Москвы прибыл Георгий Маленков со свитой, а потом большая группа чекистов. Он огласил в Смольном постановление Политбюро «Об антипартийных действиях» руководителей города, которые якобы пытались обособить Ленинград от Москвы. «Принизили роль великого Сталина!» – в ярости кричал он. Начался разгром партийной организации города по сфабрикованному так называемому «ленинградскому делу». Начались аресты, массовые увольнения. Музей обороны Ленинграда был разгромлен. Экспонаты выбрасывали на улицу, бесценные документы и фотографии сжигали, картины рвали и резали, скульптуры разбивали молотками, а пушки и самолеты отправили на переплавку. Во дворе пылали костры, на которых сжигали историю блокады. Создателей экспозиции обвинили в том, что они, якобы в террористических целях, сконцентрировали в музее большое количество оружия и готовили покушение на Сталина, хотя все орудия были в нерабочем состоянии, с просверленными стволами. Другое обвинение состояло в том, что в музее будто бы имело место «политически вредное изображение страданий и лишений ленинградцев».
В апреле 1950 года Раков, как один из организаторов «порочной экспозиции в Музее обороны Ленинграда», был снова арестован и отправлен в Лефортово. Вел его дело подполковник Дворный – один из лучших специалистов «по вышибанию зубов и ломке ребер». Как потом стало известно, ученый держался на допросах мужественно и никого из своих коллег не оговорил. Приговор гласил: «Двадцать пять лет тюремного заключения, с поражением в правах на пять лет с конфискацией всего лично принадлежащего ему имущества». Спустя много лет он с присущей ему иронией рассказывал, что тогда подумал: «Ну ладно, двадцать пять лет тюрьмы – куда ни шло, но потом в течение пяти лет не голосовать – нет, это уже слишком жестоко!»