Было дано соответствующее распоряжение техническим и хозяйственным учреждениям Морского министерства, и «Алмаз» ввели в Севастопольский док. На корабле провели чистку и окраску подводной части корабля, чистку и переборку кингстонов, ремонт руля и замену лопасти правого винта. Одновременно с этими работами очистили и окрасили якоря и якорные цепи; провели очистку и окраску надводного борта; чистку и полировку всего тикового дерева; установили новую грот-стеньгу; произвели ремонт адмиральских помещений; заменили линолеум в жилой палубе; окрасили кочегарные кожуха и дополнительно установили четыре 75-мм орудия.
После проведенных ремонтных работ яхта, обладая особым статусом, оказалась в тройном подчинении: командующего Морскими силами Черного моря, а также «напрямую» в подчинении морского министра и флаг-капитана Его Императорского Величества. Таким образом, корабль нес службу по специальным поручениям этих трех должностных лиц, в том числе конвоировал приходившую на Черное море императорскую яхту «Штандарт».
Командующий Морскими силами Черного моря вице-адмирал А.А. Эбергард на борту яхты «Алмаз» вместе с экипажем
В феврале 1913 года Черноморский флот, как и вся Россия, отмечал 300-летие царствующего дома Романовых. На кораблях эскадры, в том числе и на «Алмазе», проходили «высочайшие» смотры и служили молебны. В Севастополь прибыл император Николай II, он, посетив обновленный корабль, остался доволен его внешним видом и лично вручил офицерам памятные медали.
В начале 1914 года после достаточно удачных опытов по подъему и спуску на воду с борта крейсера «Кагул» гидроаэропланов типа «Curtis» командующий Морскими силами Черного моря вице-адмирал А.А. Эбергард предложил приспособить его вместе с однотипным крейсером «Память Меркурия» и яхтой «Алмаз» под носители этих аппаратов для разведочных целей. На это морской министр 14 февраля ответил: «Разрешаю на двух крейсерах, что же касается яхты «Алмаз» – то до моего личного осмотра устройства на первом, ничего не делать».
Вместе с тем один из первых проектов вооружения яхты «Алмаз» двумя такими гидроаэропланами, размещенными на крыше адмиральской рубки, разработал подпоручик по адмиралтейству А.Е. Жуков ровно месяц назад. Подъем и спуск на воду летательных аппаратов предлагалось осуществлять с помощью установленной на бизань-мачте съемной грузовой стрелы длиной 15 метров и грузоподъемностью 737 килограммов. Несколько позже, 18 февраля, за подписью главного корабельного инженера Севастопольского порта генерал-майора А.П. Титова предложили еще один проект расположения на «Алмазе» гидроаэропланов между грот– и бизань-мачтами. Однако под их носитель его приспособили по несколько иному варианту лишь после начала Первой мировой войны.
20 мая 1914 года командиром яхты «Алмаз» назначается капитан 2-го ранга А.С. Зарин, он оставался на этой должности до начала августа 1916 года.
По предвоенным мобилизационным планам «Алмаз» намечалось перевооружить путем установки на нем четырех 75-мм (поставлены после прихода яхты в Черное море), двух из шести 47-мм орудий и шести 120-мм на станках Металлического завода. Стоимость этих работ оценивалась в 28 600 руб. Из остального вооружения по состоянию на 1 декабря 1914 года «Алмаз» располагал еще тремя пулеметами.
Включившись в военные действия, Черноморский флот обеспечивал защиту морских коммуникаций, оборону побережья от вражеского вторжения. Корабли оказывали существенную поддержку приморскому флангу Кавказской армии.
Для безопасности плавания по Черному морю, в котором довольно свободно действовали быстроходные германо-турецкие крейсеры «Гебен» и «Бреслау» (первый из них – современный линейный крейсер, вооруженный 280-мм артиллерией и развивающий скорость 28 узлов – был способен на равных вести бой сразу против нескольких линкоров додредноутного типа Черноморского флота), требовалась постоянная воздушная разведка. К началу мировой войны восемь приобретенных за рубежом гидросамолетов отряда базировались в Килен-бухте Севастополя. Здесь, на главной базе Черноморского флота, и сформировали тот первый авиаотряд, который и положил начало практическому применению авиации в отечественном флоте. Военные летчики включались в боевую подготовку и операции флота: морская авиация проводила воздушную разведку, занималась поиском мин и минных заграждений, подводных лодок противника, наведением боевых кораблей на цель и даже наносила точные бомбовые удары по вражеским кораблям.