Но Яворский во главе церковных структур показал себя с лучшей стороны. По осени, возвращаясь в Москву после походов, Петр обычно занимался гражданскими делами, а за церковные брался вместе со Стефаном. Они пытались исправлять то, что запустил покойный Адриан. Возродили и реорганизовали развалившуюся Славяно-греко-латинскую академию. Ректору и преподавателям были установлены высокие оклады от казны, неимущим студентам назначалась стипендия. Воздвигались новые храмы. Один из них, храм св. Петра и Павла на Малой Ордынке, был построен по собственноручному эскизу царя.
После долгого перерыва Русская церковь обратила внимание и на прославление отечественных святых. Уже 550 лет в народе чтили святым фактического основателя и устроителя Северной Руси, благоверного великого князя Андрея Боголюбского. Но в свое время св. Андрей крепко конфликтовал с византийским императором, и его прославление спустили на тормозах. Только Петр с его решительностью перешагнул и отбросил препоны. В 1702 г. Андрей Боголюбский был наконец-то официально канонизирован в лике святых.
Но из общения с иностранными друзьями и из путешествий по Европе царь перенял некоторые протестантские взгляды на церковь — чисто прагматические. Патриарший приказ он упразднил. Вместо него появился Монастырский приказ, вполне светский, и задачи ему ставились чисто мирские — собирать подати с церковных владений. Царь озаботился и тем, что в церковную собственность уходят значительные земельные владения — их дарили монастырям, передавали по завещаниям, в то время как многие дворяне оставались малоземельными. А пострижение в монахи в молодом возрасте Петр расценил как лазейку для желающих откосить от работы, податей, воинской службы.
Он запретил монастырям покупать или принимать в дар новые деревни и земли. Повелел сократить число монастырских и церковных слуг, оставить «самое малое число». При монастырях Петр предписал организовывать госпитали, богадельни, мастерские. А пострижение запретил до 50-летнего возраста. Но исключение составляли увечные и отставные воины. Их было велено постригать без всяких ограничений и без вкладов. Такая политика вызвала совсем не однозначную реакцию. Хотя дальновидные и честные деятели церкви поддерживали государя, считали его действия оправданными.
Одного из них мы уже называли — св. Митрофана Воронежского. Он продолжал отдавать на армию и флот все средства, которые удавалось сэкономить в его епархии — в 1700 г. пожертвовал 4 тыс. руб, в следующем году 3 тыс. Хотя св. Митрофан одобрял далеко не все новшества. В Воронеже для государя был построен дворец. Однажды святителя пригласили к Петру, но он увидел: возле дворцовых дверей поставили статуи «венер» и «аполлонов». Он молча развернулся и ушел. Государь рассердился, послал догнать и вернуть епископа, однако тот твердо заявил, мимо идолов ходить не будет. И Петр… согласился. Распорядился убрать статуи.
В беседах с царем св. Митрофан наставлял, что далеко не все заимствования с запада приемлемы и допустимы. Он и в свое завещание включил слова патриарха Иоакима против слепого копирования европейских обычаев. Умирал епископ нищим. Шутил, что в келье нет ни копейки, не на что даже помянуть. А Петр, невзирая на некоторые разногласия, глубоко почитал св. Митрофана. Узнав о его кончине, приказал задержать похороны. Примчался в Воронеж и сам нес гроб святого. Забегая несколько вперед, можно отметить, что Митрофан Воронежский был не единственным святым, с кем близко и дружески сходился царь. Именно Петр заметил, высоко оценил и выдвигал на высокие церковные посты св. Дмитрия Ростовского, св. Иоанна Тобольского, св. Иннокентия Иркутского.
Но среди духовенства были и совсем другие настроения. Хватало обиженных, озлобленных. Появлялись подметные письма с «пророчествами», где Петра отождествляли с антихристом, призывали народ к восстанию. Кто писал их? Кто распространял? Иногда фанатики, цепляющиеся за формальные признаки «старины» и накрутившие сами себя гордыней и осуждением. Иногда церковные собственники, возмущенные ущемлением их прав. Скорее всего, имели место и прямые идеологические диверсии — шведов, иезуитов. Во всяком случае, манифесты Карла XII к русским людям отчетливо перекликались с этими же подметными письмами. Поэтому Петр так и не вернулся к вопросу о выборах патриарха. Оставлял его открытым.