В те времена гетманов на Запорожье нередко выбирали в зависимости от конкретной ситуации: для организации похода или для проведения каких-то хозяйственных работ, возведения укреплений. Немало казацких предводителей называли себя гетманами по собственной инициативе. В частности, в письмах к польскому правительству гетманами именуют себя казацкие атаманы Федор Полоус, Матвей Шаула, Тихон Бай-буза, Северин Наливайко. В контексте первых десятилетий XVII века исторические источники называют гетманами нескольких запорожских начальников: это Самойло Кошка (погиб в 1602-м), Григорий Иванович (упоминается как гетман около 1606-го), Олевченко (1609), Григорий Тискиневич (1610) Дмитрий Барабаш (1617), Яков Неродич-Бородавка (1620–1621). В промежутках между гетманством некоторых из этих казацких вожаков неоднократно находился на гетманской должности и Сагайдачный. После поражения Наливайко в 1596-м в течение всего лишь десяти лет сменилось пятнадцать казацких гетманов. В 1606-м или 1609-м получает гетманскую булаву Петр Сагайдачный.
Центром тогдашней Сечи было устье реки Чертомлык. О дислокации запорожцев в этом месте свидетельствует посол германского императора Рудольфа II Эрих Лясота. Активно взявшись за организационные дела и обнаружив незаурядный талант руководителя, Петр Сагайдачный решает податься вверх по течению реки, к острову Большая Хортица, ниже последнего порога Вольного. Очевидно, именно с тех времен сохранились названия Пепелище Сагайдака и руины Кресла Сагайдачного – напротив «Верхней головы» острова Хортицы и немецкой колонии Кичкас, которая появилась значительно позже на левом берегу Днепра.
Сам кош, или крепость, был обнесен земляным валом, на котором стояли войсковые пушки, контролировавшие подходы к Запорожью со всех сторон, и особенно с юга – крымскую сторону. Шалаши, в которых размещалось товарищество, и склады, где хранились военные припасы, сделаны были из хвороста и покрыты лошадиными шкурами. Впрочем, казаки не любили жить в шалашах – вольной казацкой душе было тесно под крышей. Летом, весной и сухой осенью они предпочитали спать под открытым небом на траве или на разостланном плаще, с седлом под головой, а то и просто под деревом, где-нибудь у воды, чтобы утром глаза промыть, с кочками в роли изголовья.
Если казак ночью просыпался, то сразу мог узнать, какая часть ночи прошла и сколько времени осталось до утра. Ему помогали в этом звезды, которые он знал не хуже астрономов вавилонских и халдейских. Мог найти казак на ночном небе и Медведицу, и Орион, и Млечный Путь, и Пса, и Стожары. Все небо и Великая Степь были его родной стороной. Казак любил природу и пользовался ею. Никто так хорошо, как казаки, не осваивался в степи и на воде, в родной стихии и на море.
Постановления польских сеймов с 1607-го по 1620-е годы и украинско-польские замковые переписи свидетельствуют о чрезвычайном росте украинского казачества. Если в 1594 году при гетмане Христофоре Косинском казаков насчитывалось всего 5 тысяч, то при Сагайдачном их количество возросло до 50 тысяч.
Казацкое войско имело свои клейноды, знаки различия, хоругви и знамена. Первой была хоругвь Запорожского Войска, или гетманская, за ней шли полковые и сотенные. В те времена казачье войско выступало под флагами государств, оказывавших им покровительство. Первый полк реестровых казаков в 1578 году имел шелковую хоругвь с польским орлом. В 1594-м запорожцы были на Цесарской службе и получили австрийские флаги. От польского короля Владислава IV в 1646 году Запорожское Войско получило голубую хоругвь с орлом – наполовину белым, наполовину красным. Позже, в 1654-м, царь Алексей Михайлович присылает Войску Запорожскому московский флаг, где были образы Спаса, Богородицы, Антония и Феодосия Печерских и святой Варвары.