Когда, по настоянию Департамента полиции, С. Ю. Витте переехал в запасной дом при Зимнем дворце (Дворцовая набережная, 30), там, в швейцарской и на лестницах, вопреки его позднейшим утверждениям, круглосуточно дежурил взвод солдат Преображенского полка [1, с. 238]. Более того, по утверждению некоторых современников, он пытался использовать террор в своих целях. А. А. Лопухин, директор Департамента полиции, передавал разговор с ним С. Ю. Витте, тогда ещё председателя комитета министров: «У директора департамента полиции ведь, в сущности, находится в руках жизнь и смерть всякого, в том числе и царя, так нельзя дать какой-нибудь террористической организации возможность покончить с ним; престол достанется его брату, у которого я, С. Ю. Витте, пользуюсь фавором и перед которым могу оказать протекцию и тебе». [1, с. 134–135]. В. И. Гурко полагал, что и позже премьер-министр стремился «направить непосредственно на государя чувства неприязни за неисполнение правительством требований, предъявленных радикальными кругами общественности» [4, с. 517]. Считается, что 26 ноября 1906 г. С. Ю. Витте распорядился арестовать председателя Петербургского Совета Г. С. Хрусталёва-Носаря, а потом и весь состав Совета — своеобразный центр революции [1, с. 254–255]. Однако, по свидетельству В. И. Гурко, П. Н. Дурново арестовал Совет рабочих депутатов по своей инициативе, а С. Ю. Витте узнал об этом от него по телефону во время заседания Совета министров. Премьер пошёл к телефону, «оставив министров в довольно-таки испуганном состоянии». Он вернулся «с белым лицом и с прерывающимся от дрожи голосом» и «в величайшем волнении сказал: „Всё погибло. Дурново арестовал Совет рабочих депутатов“. Слова произвели впечатление разорвавшейся бомбы, некоторые члены правительства вскочили со своих мест…» [4, с. 517].
Однако, несмотря на страх перед террором, С. Ю. Витте, как премьер-министр, должен был с ним бороться. Так, в Совете министров несколько раз обсуждалась проблема введения военно-полевых судов. Премьер выступал за введение нового сурового закона о смертной казни для всех террористов, покушавшихся на жизнь должностных лиц. Но, с его точки зрения, закон должен был бы «устранить такой порядок, при котором однородные злодеяния или влекут смертную казнь, или нет в зависимости от усмотрения начальствующих лиц» [31, с. 114]. Однако Совет министров выразил тогда «сомнения в полезности провозглашения нового весьма сурового закона, едва ли могущего получить на практике особое значение» [31, с. 101]. По мнению большинства министров, многие местности России находятся на военном или исключительном положении, и дела террористов и так передаются в военный суд, между тем обнародование столь сурового закона «произвело бы чрезвычайно тягостное впечатление» в обществе [31, с. 113], царь тоже не поддержал это начинание. С. Ю. Витте не стал тогда настаивать на введении военно-полевых судов. В препроводительной записке к мемории об отклонении проекта главного военного прокурора Н. Н. Маслова о введении военно-полевых судов С. Ю. Витте писал Николаю II: «Ввиду разногласия среди членов Совета нахожу более правильным сохранение существующего порядка и уверен, что как МВД, так равно и главные местные начальники во всех случаях доказанных посягательств по политическим побуждениям на жизнь чинов войск, полиции и других должностных лиц будут в нынешнее смутное время пользоваться во всей полноте предоставленными им по закону полномочиями» [31, с. 112]. В определённой мере ответственность за применение смертных казней в отношении террористов была переложена с Совета министров на местные власти.